"Tide-Line Blue" ist eine Anime-Serie, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der ein Großteil der Erde nach einer globalen Katastrophe überschwemmt wurde. Die Handlung beginnt mit dem Untergang der Zivilisation, ausgelöst durch einen Meteoriteneinschlag, der massive Flutwellen verursachte und die Landmassen der Erde weitgehend zerstörte. Die Überlebenden leben nun auf verstreuten Inseln und auf schwimmenden Städten, die auf den Trümmern der alten Welt errichtet wurden.

Im Zentrum der Geschichte stehen die Brüder Keel und Aoi. Keel ist ein charismatischer und rebellischer junger Mann, der als Anführer einer Gruppe von Piraten agiert. Aoi hingegen ist ein ruhiger und idealistischer Junge, der in der neuen Weltordnung, die von der Organisation "Neo-Atlantis" dominiert wird, aufwächst. Neo-Atlantis, angeführt von dem mysteriösen und mächtigen Gould, strebt danach, die verbliebenen Ressourcen der Welt zu kontrollieren und eine neue globale Hierarchie zu etablieren.

Die Handlung nimmt Fahrt auf, als Keel und seine Piratencrew in den Besitz eines fortschrittlichen U-Bootes namens "Ulysses" gelangen, das über Technologien verfügt, die das Potenzial haben, die Machtbalance der Welt zu verändern. Dies zieht die Aufmerksamkeit von Neo-Atlantis auf sich, das alles daran setzt, das U-Boot zurückzuerobern. Aoi, der zunächst auf der Seite von Neo-Atlantis steht, wird in den Konflikt hineingezogen, als er erfährt, dass Keel sein älterer Bruder ist. Die Brüder müssen sich mit ihren unterschiedlichen Überzeugungen auseinandersetzen, während sie gleichzeitig gegen die Bedrohung durch Neo-Atlantis kämpfen.

Die Serie thematisiert die Konflikte zwischen individueller Freiheit und staatlicher Kontrolle, die Suche nach Identität in einer zerstörten Welt und die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren. Neben Keel und Aoi spielen weitere Figuren wie Isla, eine junge Frau mit einer geheimnisvollen Vergangenheit, und Gould, der antagonistische Führer von Neo-Atlantis, eine zentrale Rolle. Die Handlung entwickelt sich zu einem epischen Konflikt, bei dem es nicht nur um das Schicksal der Ulysses und ihrer Besatzung geht, sondern auch um die Zukunft der gesamten Menschheit in einer Welt, die zwischen Hoffnung und Untergang schwankt.