"Gakuen Utopia Manabi Straight!" spielt in einer nahen Zukunft, in der die Geburtenrate stark gesunken ist und Schulen zunehmend leerer werden. Die Handlung konzentriert sich auf die Seioh-Oberschule, eine Bildungseinrichtung, die von dieser Entwicklung stark betroffen ist. Die Protagonistin, Manami Amamiya, genannt Manabi, ist eine energiegeladene und optimistische Schülerin, die als Transferschülerin an die Seioh-Schule kommt. Mit ihrer lebhaften Persönlichkeit und ihrem Enthusiasmus bringt sie frischen Wind in den Schulalltag.

Manabi schließt sich schnell mit anderen Schülerinnen zusammen, darunter die ruhige und verantwortungsbewusste Mikan Miyamae, die sportliche und selbstbewusste Mei Etoh, die schüchterne und technikbegeisterte Momoha Odori sowie die ernsthafte und disziplinierte Mika Inamori. Gemeinsam bilden sie den Schülerrat und setzen sich dafür ein, das Schulleben zu verbessern und die verbliebenen Schüler zu motivieren.

Die Serie zeigt, wie die Gruppe verschiedene Herausforderungen meistert, darunter die Organisation von Schulveranstaltungen, die Bewältigung interner Konflikte und die Suche nach Wegen, die Schule für zukünftige Generationen attraktiv zu halten. Dabei wird die Dynamik zwischen den Charakteren deutlich, die trotz ihrer unterschiedlichen Persönlichkeiten zusammenarbeiten und Freundschaften aufbauen.

Ein zentrales Thema ist die Bedeutung von Gemeinschaft und Zusammenhalt in einer sich verändernden Welt. Die Handlung betont die positiven Auswirkungen von Teamarbeit und Engagement, während sie gleichzeitig die individuellen Stärken und Schwächen der Charaktere beleuchtet. Die Serie endet mit einem emotionalen Abschluss, der die Entwicklung der Charaktere und ihre gemeinsamen Erfahrungen würdigt.