Im ersten Film der Rebuild-of-Evangelion-Tetralogie, Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone, hat Kaworu Nagisa einen kurzen, aber rätselhaften Auftritt, der seine geheimnisvolle Natur und seine Verbindung zu den zentralen Ereignissen der Geschichte etabliert. Er ist ein blasser junger Mann mit silberweißem Haar und roten Augen, und seine Ankunft unterscheidet sich von der jedes anderen Charakters. Man sieht ihn zum ersten Mal, wie er aus einem sargähnlichen Behälter erwacht, der sich auf der Mondoberfläche im Vakuum des Weltraums befindet, und dabei die Fähigkeit demonstriert, in einer luftleeren Umgebung zu überleben und zu sprechen. Diese Szene spielt sich in der Nähe einer kolossalen, verhüllten Gestalt ab, die sich später als der im Bau befindliche Evangelion Mark.06 herausstellt.

Sein Hintergrund ist von Geheimnissen umhüllt, obwohl sein Dialog offenbart, dass er kein gewöhnlicher Mensch ist. Er ist der geheimen Organisation SEELE angeschlossen, deren Führer durch Monolithen mit ihm kommunizieren. In dieser frühen Szene spricht er mit dem Vorsitzenden Keel Lorenz und stimmt zu, dass ein bestimmtes „Kind“ – vermutlich der Pilot Shinji Ikari – gemäß einem vorbestimmten Szenario, den sogenannten Schriftrollen vom Toten Meer, voranschreitet. Seine Beweggründe sind zu diesem Zeitpunkt kryptisch, aber er drückt ein persönliches Interesse an Shinji aus. Während er auf die ferne Erde hinabblickt, bemerkt er, dass sich der „Dritte“ (womit Shinji, das Dritte Kind, gemeint ist) nicht verändert hat, und erklärt, dass er sich darauf freut, ihn zu treffen. Dieses Vorwissen über Shinji und sein Schicksal deutet darauf hin, dass Kaworu ein gewisses Bewusstsein für zukünftige Ereignisse oder die zyklische Natur der Welt besitzt.

Seine Rolle in Evangelion: 1.0 beschränkt sich auf diese einzige, entscheidende Post-Credit-Szene. Statt an den unmittelbaren Kämpfen gegen die Engel teilzunehmen, wird er als langfristiger Beobachter und zukünftiger Akteur im übergeordneten Plan positioniert. Diese Einführung dient als Versprechen an das Publikum und bestätigt Kaworu als Schlüsselfigur, die in den folgenden Filmen direkt in Shinjis Leben eingreifen wird. Die Seltsamkeit seines Erwachens auf dem Mond, kombiniert mit seiner ruhigen und selbstbewussten Art, identifiziert ihn als Anomalie mit immenser Macht und Wissen und deutet auf seine wahre Natur als Erster Engel in der Rebuild-Kontinuität hin.

Seine Persönlichkeit wird sofort als ruhig, distanziert, aber dennoch warmherzig erwartungsvoll etabliert. Anders als die emotionaleren menschlichen Charaktere spricht Kaworu mit gelassener Zuversicht und einem Gefühl der Bestimmung. Seine Aussage, dass er hofft, Shinji zu treffen, stellt ihre zukünftige Beziehung als etwas Vorbestimmtes und für ihn zutiefst Bedeutungsvolles dar. Innerhalb dieses spezifischen Films gibt es keine Charakterentwicklung für Kaworu, da sein Auftritt ein kurzer Teaser ist. Seine bemerkenswerten Fähigkeiten werden jedoch deutlich gezeigt: Er kann ohne Schutzausrüstung im Vakuum des Weltraums überleben, er kann telepathisch oder durch unbekannte Mittel mit SEELE kommunizieren, und er wird in unmittelbarer Nähe einer neuen Evangelion-Einheit gezeigt, was auf seine Rolle als deren designierter Pilot hindeutet. Diese Fähigkeiten, kombiniert mit seinem kryptischen Dialog, festigen seinen Status als ein Wesen, das von dem Moment an, in dem es eingeführt wird, normale menschliche Grenzen überschreitet.