Gendo Ikari, ursprünglich als Gendo Rokubungi geboren, ist der kalte und berechnende Kommandant der Spezialagentur NERV. Als brillanter Wissenschaftler und Meisterstratege agiert er als undurchsichtiger Drahtzieher, der ein gefährliches politisches Spiel mit der Geheimorganisation SEELE spielt, während er seine eigene verborgene Agenda vorantreibt.

Seine Persönlichkeit ist geprägt von einer nahezu undurchdringlichen emotionalen Kälte und einer rücksichtslosen Bereitschaft, jeden zu manipulieren oder fallen zu lassen, um seine Ziele zu erreichen. Er ist ein äußerst distanzierter und harter Vater für seinen Sohn Shinji, den er nach dem Verlust seiner Frau bei einem Lehrer zurückgelassen hat. Trotz seiner berechnenden Fassade und manipulativen Affären mit der Wissenschaftlerin Naoko Akagi und später ihrer Tochter Ritsuko ist seine Hauptmotivation für die Orchestrierung des Menschlichen Instrumentalitätsprojekts überraschend persönlich: eine tiefe, verzweifelte Liebe zu seiner verstorbenen Frau Yui Ikari. Er glaubt, dass er durch die Einleitung des Dritten Impacts unter seiner Kontrolle mit ihr wiedervereint werden kann.

In den Ereignissen von The End of Evangelion ist Gendos Rolle die eines Verschwörers, der versucht, SEELEs Szenario für seine eigenen Zwecke zu kapern. Nachdem er die embryonalen Überreste des ersten Engels, Adam, in die Handfläche seiner rechten Hand verschmolzen hat, steigt er mit Rei Ayanami, einem von ihm als Gefäß für Yuis Seele erschaffenen Wesen, nach Terminal Dogma hinab. Sein Plan ist es, den Adam in seiner Hand mit Rei zu verschmelzen, die die Seele von Lilith trägt, um die Instrumentalität herbeizuführen und eine Wiedervereinigung mit Yui zu erzwingen.

Seine wichtigsten Beziehungen sind alle von dieser einen Besessenheit geprägt. Die Bindung zu seinem Sohn Shinji ist von tiefer Vernachlässigung und emotionalem Missbrauch geprägt; er sieht den Jungen nur als Werkzeug, um Eva-Einheit 01 zu pilotieren, die Yuis Seele enthält. Rei Ayanami wird wie ein Objekt behandelt, eine aus Yuis genetischem Material erschaffene Puppe, die für seinen Plan verwendet wird. Seine Beziehung zu den Akagi-Frauen ist rein transaktional; er nutzt ihre wissenschaftliche Expertise und Zuneigung, um seine Position und seinen technologischen Vorteil zu sichern. Nur sein Mentor Kozo Fuyutsuki und seine verstorbene Frau scheinen seine wahren Absichten zu kennen.

Seine Entwicklung im Film gipfelt in einem endgültigen Scheitern und einem Moment tragischer Selbsterkenntnis. Als Rei, nachdem sie Adam absorbiert hat, seinen Befehl ablehnt und sich dafür entscheidet, sich mit Lilith selbst zu vereinen, bricht Gendos Meisterplan zusammen. Als die Instrumentalität ohne ihn beginnt, wird er mit Visionen derer konfrontiert, die er Unrecht getan hat, darunter eine geisterhafte Yui. Schließlich gesteht er seinen tiefsten Fehler: Er hatte Angst vor den unsichtbaren Banden emotionaler Intimität und war nicht in der Lage, sich seinem Sohn nach Yuis Tod zu stellen. Seine größte Angst war, dass die Liebe zu Shinji den Jungen nur verletzen würde, also entschied er sich, sich vollständig abzukapseln. In seinen letzten Momenten akzeptiert er sein Schicksal als Vergeltung, bittet Shinji um Vergebung, bevor er von einer Vision der Eva-Einheit 01 scheinbar verschlungen oder enthauptet wird, sodass nur sein abgetrennter Unterkörper stehen bleibt.

Zu seinen bemerkenswerten Fähigkeiten zählen sein immenses politisches Geschick und sein wissenschaftliches Wissen, die es ihm ermöglichen, die komplexen Verschwörungen rund um NERV und SEELE zu navigieren. Außerdem trägt er physisch den Embryo von Adam, der in seine rechte Hand verschmolzen ist, ein Geheimnis, das er unter seinen charakteristischen Handschuhen verbirgt, zusammen mit den schweren Verbrennungsnarben von der Rettung Reis bei einem früheren Unfall.