Mokuba Kaiba ist der jüngere Bruder von Seto Kaiba und fungiert trotz seines Grundschulalters als Vizepräsident von KaibaCorp. Er wurde zusammen mit seinem Bruder in jungen Jahren verwaist, und die beiden verbrachten einige Zeit in einem Waisenhaus, bevor sie von Gozaburo Kaiba adoptiert wurden. Zeit seines Lebens ist Mokuba seinem Bruder Seto treu ergeben und stellt sich oft jedem entgegen, der schlecht über ihn spricht. Allerdings scheut er sich nicht, die Entscheidungen seines Bruders infrage zu stellen, wenn er glaubt, dass Seto falsch handelt. Mokuba wird im Allgemeinen als gutmütig und etwas naiv dargestellt, obwohl er einen schelmischen Zug hat, der ihn manchmal in Schwierigkeiten bringt. Seine tiefste Motivation ist es, seinen Bruder wieder lächeln zu sehen, da Setos ernste und rücksichtslose Art nach der Übernahme von KaibaCorp die Wärme, die sie einst teilten, verblassen ließ.

In Yu-Gi-Oh! Der Film: Pyramid of Light fungiert Mokuba als Bote und Unterstützer für Seto. Nachdem Yugi eine Vision von Anubis hat, kommt Mokuba, um Yugi zu Kaibas Duell-Dom zu bringen, wo Seto ein Duell gegen Yami Yugi erzwingt. Als das Duell die Karte der Pyramide des Lichts auslöst und das Gebäude zu bröckeln beginnt, flieht Mokuba in Sicherheit. Er wird später von Maximillion Pegasus gerettet, der zusammen mit Téa Gardner und Solomon Muto per Helikopter eintrifft. Während des gesamten Films besteht Mokubas Hauptaufgabe darin, Informationen zu übermitteln und sich um das Wohlergehen seines Bruders zu sorgen, wie zu sehen ist, als er Zweifel an dem Plan äußert. Am Ende des Films verlässt ein verletzter Seto mit Mokuba den Ort, was ihre Bindung bekräftigt, während sie gemeinsam gehen.

Mokubas Beziehung zu Seto ist der zentrale Pfeiler seines Charakters. Er ist die einzige Person, der Seto stets Zuneigung zeigt, und Mokuba ist ihm dafür ewig ergeben. Er entwickelt auch ein gewisses Maß an Vertrauen gegenüber Yugi und seinen Freunden, was dazu beiträgt, seine früheren rachsüchtigen Tendenzen abzumildern. Im Laufe der Zeit reift Mokuba und wird toleranter und verständnisvoller. Obwohl er selten mit seinem eigenen Deck duelliert – oft leiht er sich eines von Seto – besitzt er eine scharfe Intelligenz und technisches Geschick, die ihn zu einem wertvollen Aktivposten für KaibaCorp machen. Seine Präsenz im Film unterstreicht seine unerschütterliche Unterstützung für seinen Bruder und seine Rolle als die einzige Person, die hinter Setos harter Fassade blicken kann.