Jesse Andersen, in der japanischen Originalversion als Johan Andersen bekannt, ist ein Austauschschüler, der im dritten Jahr der Serie an der Duel Academy ankommt. Er ist der Vertreter der renommierten North Academy und wurde zusammen mit anderen Meisterduellanten aus aller Welt von Kanzler Sheppard eingeladen. In der englischen Adaption spricht er mit einem südamerikanischen Akzent, während sein japanisches Pendant keinen Akzent hat, aber als skandinavischer Herkunft charakterisiert wird.

Was sein Aussehen betrifft, hat Jesse auffälliges blaues Haar, das nach hinten und unten absteht, sowie grüne Augen. Seine übliche Kleidung besteht aus einer blauen, hüftlangen Jacke mit dunkleren blauen Konturen, einem lavendelfarbenen Hemd mit Rüschenmanschetten und schwarzen Hosen, die von einem weißen Gürtel gehalten werden. Wenn er vom Geist Yubel besessen ist, ändert sich sein Aussehen zu einer dunkleren Weste und einem dunkleren Oberteil, und seine Augen wechseln von Grün zu Orange.

Jesses Persönlichkeit ist energisch, freundlich, nachdenklich und manchmal schüchtern, und er teilt viele Ähnlichkeiten mit seinem engen Freund Jaden Yuki. Beide sind aufgeregt, lieben es, aus Spaß zu duellieren, und besitzen die seltene Fähigkeit, mit den Geistern der Duellmonster zu kommunizieren. Jesse besitzt diese Fähigkeit seit seiner Kindheit, und sein wichtigster Geistpartner ist Crystal Beast Ruby Carbuncle, den er liebevoll Ruby nennt. Er betrachtet alle seine Monster als Teil seiner Familie, da sie ihn selbst zu ihrem Meister gewählt haben. Jesse hat zudem eine bemerkenswerte Orientierungslosigkeit, so sehr, dass Ruby ihn oft führen muss, selbst um den Weg zurück zu seinem Wohnheim zu finden.

Jesses Hauptmotivation im Laufe der Geschichte ist es, das mächtigste Crystal Beast-Monster, Rainbow Dragon, zu erlangen. Während er die anderen sieben Crystal Beasts besitzt, wurde Rainbow Dragon noch nicht von Industrial Illusions als Karte hergestellt. Jesse sucht nach einer römischen Lithographie, von der das Konzept seiner Crystal Beasts abgeleitet wurde, in der Hoffnung, dass Maximillion Pegasus endlich die Rainbow Dragon-Karte erschaffen kann. Über diese Suche hinaus besteht sein Zweck für das Duellieren darin, für Menschen zu spielen, die an ihre Decks glauben und starke Bindungen zu ihren Karten haben.

In der Geschichte dient Jesse als einer der wichtigsten Verbündeten und engen Freunde von Jaden Yuki. Nachdem er von Professor Viper ausgewählt wurde, um Jaden im ersten Ausstellungskampf des dritten Jahres zu duellieren, verbinden sich die beiden schnell durch ihre gemeinsame Verbindung zu den Duellgeistern. Nach einer Reihe von Ereignissen, die die Duel Academy in eine alternative Dimension ziehen, erhält Jesse schließlich die Rainbow Dragon-Karte und verwendet sie, um Jaden und die anderen zu retten, bleibt aber selbst in der alternativen Dimension gefangen. Er taucht später wieder auf, besessen von Yubel, die Jesses Seele aus seinem Körper entfernt und in Rainbow Dark Dragon platziert hat. Jaden befreit ihn schließlich, und Jesses Freundschaft mit Jaden wird durch das Fusionsmonster Rainbow Neos symbolisiert, das ihre charakteristischen Karten kombiniert.

Wichtige Beziehungen prägen einen Großteil von Jesses Entwicklung. Seine Bindung zu Jaden ist die bedeutendste, da ihre Freundschaft als Katalysator für wichtige Handlungsereignisse dient, einschließlich Jadens Abstieg zum Supreme King nach Jesses Verschwinden. Jesses Beziehung zu seinen Crystal Beasts, insbesondere Ruby Carbuncle, zeigt seinen tiefen Respekt für die Duellgeister. Er interagiert auch mit anderen Charakteren wie Zane Truesdale, Adrian Gecko und Marcel Bonaparte im Laufe der dritten und vierten Staffel.

Im Verlauf der Serie durchläuft Jesse eine bemerkenswerte Entwicklung. Anfangs als mysteriöser, aber freundlicher Austauschschüler eingeführt, wird er zu einem vertrauenswürdigen Begleiter für Jaden und die anderen. Seine Besessenheit durch Yubel stellt eine bedeutende Herausforderung dar, da sein Körper verwendet wird, um gegen seine Freunde zu duellieren. Nach seiner Befreiung unterstützt er Jaden weiterhin, duelliert an seiner Seite gegen Nightshroud und andere Bedrohungen. In der letzten Staffel kehrt Jesse zur North Academy zurück, kommt aber zurück, um Jaden im Kampf gegen die Trueman-Armee und schließlich gegen Nightshroud selbst zu helfen.

Jesses bemerkenswerteste Fähigkeit ist seine Verbindung zu den Geistern der Duellmonster, die es ihm ermöglicht, sie zu sehen und mit ihnen zu kommunizieren, genau wie Jaden. Was das Duellieren betrifft, gilt er als der fünftbeste Duellant der Welt, hinter Aster Phoenix und den drei legendären Duellanten. Er spielt ein Crystal Beast-Deck, das Monster enthält, die, wenn sie zerstört werden, in die Zauber- und Fallenkartenzonen als Permanente Zauberkarten zurückweichen können, anstatt auf den Friedhof zu gehen. Sein Ass-Monster ist Rainbow Dragon, das beschworen werden kann, wenn alle sieben Crystal Beasts entweder auf dem Spielfeld oder im Friedhof sind. Während er von Yubel besessen ist, verwendet er Advanced Crystal Beasts, korrumpierte Versionen seiner normalen Monster, und zeigt auch die Fähigkeit, die Sacred Beasts zu beschwören und zu fusionieren. In der Manga-Kontinuität hat Jesse ein völlig anderes Deck, das Insektentyp-Monster verwendet und eine Legendary Planet-Karte namens The Tripper Mercury spielt, was ein Interesse an Käfern widerspiegelt, das er zeigt, als er Jaden zum ersten Mal trifft.