Major Motoko Kusanagi ist die Feldkommandantin der Öffentlichen Sicherheitsabteilung 9, eine Vollkörper-Cyborg, die im Alter von neun Jahren nach einem fast tödlichen Flugzeugabsturz einer vollständigen Cybernetisierung unterzogen wurde, wobei nur ihr Gehirn und ihr Rückenmark organisch blieben. Sie erwarb ihren Dienstgrad während ihres Dienstes bei der Bodenselbstverteidigungsstreitkraft Japans und wurde von Chef Aramaki rekrutiert, um die taktischen Operationen der Abteilung 9 zu leiten. Ihre Persönlichkeit variiert je nach Adaption: Im Film von 1995 ist sie introspektiv und grüblerisch, hinterfragt häufig, ob sie einen Geist oder eine Seele besitzt und was es bedeutet, als Maschine mit menschlichem Bewusstsein zu existieren; im ursprünglichen Manga ist sie lebhafter, humorvoller und sexuell ausdrucksstärker; in Stand Alone Complex balanciert sie eine kontemplative Natur mit einem trockenen, gelegentlich verspielten Verhalten und reflektiert eher über größere gesellschaftliche Themen als nur über ihre eigene Identität. Ihre Kernmotivationen entspringen dem Wunsch, ihre eigene Menschlichkeit und die Natur des Selbst zu verstehen, und sie glaubt, dass ihre übermenschlichen Fähigkeiten eine Verpflichtung mit sich bringen, sie zum Wohle anderer einzusetzen. Als fähigste Operateurin der Abteilung 9 ist sie eine führende Expertin in der Kriegsführung der vierten Generation, im Cyberhirn-Kampf und im Hacking, klassifiziert als Wizard Class Grey-Hat-Hackerin, die in der Lage ist, die Kontrolle über andere Cyberhirne zu übernehmen, ihren Geist zwischen Körpern zu bewegen und gleichzeitig mehrere ferngesteuerte Drohnen zu bedienen. Physisch verleiht ihr militärischer Prothesenkörper übermenschliche Stärke, Geschwindigkeit, Beweglichkeit und die Nutzung thermoptischer Tarnung. Zu ihren wichtigsten Beziehungen gehören Batou, der ihr loyaler Stellvertreter und Vertrauter ist; Chef Aramaki, der ihr Urteilsvermögen implizit vertraut; und Hideo Kuze, der andere Überlebende ihres Kindheitsabsturzes und eine Figur aus ihrer Vergangenheit, die ihr Verständnis von Verbindung und Verlust prägt. In Episoden von Stand Alone Complex, die ihr Labyrinth erkunden, wird enthüllt, dass ihr Name Motoko Kusanagi selbst ein Pseudonym sein könnte, da sie sich nicht an ihren ursprünglichen Namen erinnern kann. Im Laufe der Serie erlebt sie eine bemerkenswerte Entwicklung: Im Film von 1995 verschmilzt sie mit dem Puppenspieler, um ihren individuellen Geist zu transzendieren; in Stand Alone Complex bleibt sie bei der Abteilung 9, führt weiterhin und ringt mit existenziellen Zweifeln und der Natur von Erinnerung und Identität. Ihre Fähigkeiten machen sie zur tödlichsten und vielseitigsten Ressource der Abteilung 9, aber ihre anhaltenden philosophischen Untersuchungen zur Grenze zwischen Mensch und Maschine definieren ihren Charakter mehr als jede einzelne Kampfleistung.