Shinichi Kudou operiert unter seinem Alias Conan Edogawa in „Lupin III vs. Detective Conan: The Movie“ und behält aufgrund des APTX-4869-Gifts der Black Organization seine Kinderform bei. Ursprünglich ein berühmter Highschool-Detektiv, wurde er verwandelt, als er verdächtige Personen im Tropical Land untersuchte. Er nahm die Identität Conans an, um sich zu verbergen, Fälle zu lösen, ein Gegenmittel zu suchen und seine Lieben vor der Organisation zu schützen. In diesem Crossover untersucht Conan den Diebstahl des „Cherry Sapphire“-Edelsteins, der sich mit Lupin IIIs Raubzug überschneidet. Er setzt seine typischen deduktiven Fähigkeiten und Gadgets ein – darunter seine stimmenverändernde Krawatte, kraftverstärkende Schuhe und sein Turbo-Skateboard –, um Gegner zu konfrontieren. Seine Ermittlungen enthüllen eine Verschwörung des italienischen Mafia-Bosses Luciano Carnevale und des Gilanbar-Agenten Alan Smithee, die Vespanian-Erz suchen, um dessen elektromagnetisch störende Eigenschaften als Waffe einzusetzen. Conan verbündet sich widerwillig mit Lupin III, als ihre Ziele übereinstimmen, um die Militarisierung des Erzes zu verhindern, und kooperiert bei einer riskanten Flugzeugentführung, um Feinden zu entkommen. Obwohl sie Gegner sind, erkennt Lupin Conan als Shinichi Kudou an, was die Spannung durch gegenseitiges Wissen um ihre Fähigkeiten steigert. Conan bleibt seiner Verpflichtung zur Gerechtigkeit treu und schwört, Lupins Bande letztendlich festzunehmen. Der Film erinnert an ihr früheres Crossover: Lupins bereits bestehendes Wissen über Conans Identität und Conans Misstrauen gegenüber Fujiko Mine. Seine Interaktionen mit Jigen beinhalten psychologische Taktiken, wie etwa kindliches Verhalten vorzutäuschen, um ihn zu verunsichern, obwohl Jigen seinen Intellekt erkennt. Conan demonstriert seinen moralischen Kompass, indem er einem sterbenden Gegner seinen wahren Namen als letzten Akt des Respekts offenbart. Emotional zeigt er weiterhin Sorge um Ran Mouri und verweist auf sein romantisches Geständnis in London. Sein Bündnis mit Ai Haibara wird deutlich, als sie Fujiko während eines gemeinsamen Bads Details zum APTX-4869-Gegenmittel vorenthält, was ihren Pakt zum Schutz der Geheimnisse der Droge bekräftigt.