Piplup ist ein Pokémon vom Typ Wasser und der zentrale Protagonist des Anime-Specials Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Time and Darkness. Er ist unter seiner Art einzigartig, da er ursprünglich ein Mensch war, der aus ihm unbekannten Gründen an einem Strand in einer Welt aufwachte, die nur von Pokémon bewohnt wird, und entdeckte, dass er in ein kleines blaues pinguinähnliches Pokémon verwandelt worden war. Er wird bewusstlos von einem schüchternen Chimchar gefunden, der vor der Gilde von Wigglytuff davonläuft, und die beiden werden bald Freunde. Piplup ist zunächst schockiert und verwirrt über seine Lage, besteht gegenüber anderen darauf, dass er wirklich ein Mensch ist, und wird frustriert, wann immer er als Piplup bezeichnet wird. Seine Verleugnung zerbricht, als er sein Spiegelbild in einer schwebenden Blase und später in einer Pfütze erblickt und zum ersten Mal deutlich sieht, dass sein Körper der eines Pokémon geworden ist.

Seine Hauptmotivation während der gesamten Geschichte ist es, zu verstehen, was mit ihm geschehen ist und warum er sich von einem Menschen in ein Pokémon verwandelt hat. Deshalb ist er zunächst zurückhaltend, als Chimchar vorschlägt, ein Erkundungsteam zu bilden, da er das Gefühl hat, zuerst das Geheimnis seiner Verwandlung lösen zu müssen. Dennoch beschließen die beiden, den Gildenmeister Wigglytuff in der Hoffnung auf Antworten aufzusuchen, und durch eine Reihe von Missverständnissen werden sie als offizielles Erkundungsteam namens Team Poképals registriert und erhalten ihr eigenes Zimmer in der Gilde. In derselben Nacht, als ein schlafender Chimchar gegen ihn fällt, erlebt Piplup eine Vision der nahen Zukunft, die ihn, Chimchar und Sunflora beim Kauf von Ausrüstung im Laden der Kecleon-Brüder zeigt – eine Vision, die sich bereits am nächsten Tag als zutreffend erweist. Dies markiert den Beginn seines Lebens als Entdecker, und die beiden Teamkameraden übernehmen ihre erste Mission zusammen mit Sunflora, reisen zur Labyrinth-Höhle, um eine Gabite-Schuppe für ein krankes Shinx zu besorgen. Piplup ist zunächst nervös, aber mit Ermutigung durch die Gilde beginnt er, sich in seiner neuen Rolle einzuleben.

Piplups bemerkenswerteste Fähigkeit ist der Dimensionsschrei, eine Kraft, die ihm Visionen zukünftiger Ereignisse gewährt. Laut Grovyle funktioniert diese Fähigkeit am zuverlässigsten, wenn ein vertrauter Partner anwesend ist, und Piplups starke Bindung zu Chimchar macht ihn gut geeignet, sie zu tragen. Als Pokémon vom Typ Wasser hat er außerdem Zugang zu wasserbasierten Attacken im Kampf, und als Mitglied seiner Art ist er in der Lage, sich zu Prinplup zu entwickeln, wenn er stärker wird. Was die Persönlichkeit betrifft, ist Piplup nicht sehr ausdrucksstark, besonders in der Anfangszeit, und ein Großteil seines Charakters wird durch die Verwirrung und das Unbehagen geprägt, in einem fremden Körper gefangen zu sein. Er ist aufrichtig und nach innen gerichtet, und er entwickelt ein tiefes und verlässliches Vertrauen in Chimchar, der sein ständiger Begleiter wird. Im Verlauf der Geschichte wächst er von einem orientierungslosen Außenseiter zu einem engagierten Entdecker heran, und zusammen mit Chimchar wird er in Bemühungen verwickelt, die Pokémon-Welt vor der Zerstörung zu schützen, während er weiterhin nach der Wahrheit hinter seiner Verwandlung sucht.