In der Akademiestadt, einem Ort, an dem übernatürliche Fähigkeiten als wissenschaftliche Disziplin anerkannt werden, operiert eine verborgene Welt unter der Oberfläche ihrer friedlichen, hochtechnologischen Straßen. Dies ist die Dunkle Seite, ein schattenhafter Bereich, in dem inoffizielle Missionen durchgeführt werden, die zu gefährlich oder zu schändlich für die öffentliche Kenntnis sind. Der Manga konzentriert sich auf ITEM, eine Elite-Einheit aus vier Mädchen, die als eines der effektivsten Teams in diesem kriminellen Untergrund agiert.

Die Gruppe besteht aus einzigartigen und mächtigen Espern. Die Anführerin ist Mugino Shizuri, eine von nur sieben Level-5-Schwergewichten in der gesamten Stadt, deren zerstörerische Meltdowner-Fähigkeit es ihr erlaubt, Teilchenstrahlen abzufeuern, die Materie auf molekularer Ebene zersetzen. Ihr zur Seite steht Takitsubo Rikou, deren Unterstützungsfähigkeit es ihr ermöglicht, die einzigartigen AIM-Diffusionsfelder zu verfolgen, die von anderen Espern ausgesendet werden, was eine Flucht für ihre Ziele nahezu unmöglich macht. Die Frontkämpferin des Teams ist Frenda Seivelun, ein Mädchen mit einem fröhlichen Gemüt und einem Talent für den Kampf mit Bomben, Sprengstoff und verschiedenen Fallen. Abgerundet wird die Gruppe durch Kinuhata Saiai, die ihre Fähigkeit nutzt, um Stickstoff frei zu manipulieren und einen dichten Luftschild um ihren Körper zu erschaffen, der als undurchdringliche Verteidigerin des Teams fungiert.

Die Geschichte beginnt, als diese gut geölte Maschine aus Attentätern und Saboteuren ein neues Mitglied aufnimmt, ein Mädchen namens Hanano Choubi. Was zunächst wie eine routinemäßige Personaländerung erscheint, zieht ITEM in eine viel größere Verschwörung hinein, die unter der Stadt brodelt. Ihre Missionen eskalieren schnell von standardmäßigen Dunkle-Seite-Säuberungen zur Infiltration von Firmenzentralen für sensible Daten und zur Jagd auf Doppelagenten, die versuchen, die Stadt zu verlassen.

Die Erzählung ist durch verschiedene Handlungsbögen strukturiert, die auf eine verheerende Schlussfolgerung zusteuern. Die erste große Handlung, der Enemy-Item-Arc, stellt das Team und seine Dynamik vor, während es die tückische Politik der Dunklen Seite navigiert. Es folgen der Honey-Queen-Arc, der Dark-Justice-Arc und der Mugino-Family-Arc, die jeweils die Gefahr steigern und tiefer in die persönlichen Geschichten und Motivationen der Hauptfiguren eintauchen.

Ein zentrales Ereignis in dieser Zeit ist das Kolosseum, eine unterirdische Unterhaltungsarena, in der Esper gezwungen werden, zur Belustigung wohlhabender Zuschauer auf den Tod zu kämpfen, mit einem Hauptpreis von 15 Milliarden Yen. Inmitten des Chaos eine Gelegenheit sehend, startet ITEM eine kühne Operation, um das Kolosseum zu stürmen und das Preisgeld an sich zu reißen – ein Coup, der sie direkt ins Visier mächtiger Unterweltfiguren bringt. Während die Mädchen frei in der Dunkelheit leben und Missionen übernehmen, die andere nicht können, wird ihre Geschichte zu einer von gewalttätigen Begegnungen, zerbrechlichen Freundschaften und der langsamen, schleichenden Angst vor einem unvermeidlichen, schrecklichen Vorfall, der ihre Gruppe eines Tages für immer zerschmettern wird.