Das Jahr ist Universal Century 0223. Die Erd-Föderation ist zusammengebrochen, und die Raumkolonien, die sich nun unabhängige Siedlungen nennen, haben neue politische Allianzen gebildet. Aus der Asche sind zwei große Fraktionen entstanden: der Kongress der Siedlungsnationen, oder CONSENT, der mehrere Sides und ihre erdgebundenen Mutterländer kontrolliert, und die Siedlungs-Freiheitsliga. CONSENT steht vor einer schweren globalen Nahrungsmittelknappheit, einer Krise, die die Stabilität seiner Macht bedroht.

Die Geschichte folgt Mark Curran, einem ehemaligen CONSENT-Mobile-Suit-Piloten, der seine militärische Vergangenheit hinter sich gelassen hat, um als Forscher bei Hydro-Gen zu arbeiten, einer unabhängigen landwirtschaftlichen Einrichtung in der Deep-Face-Trench auf der Erde. Sein ruhiges Leben wird zerstört, als CONSENT-Truppen unter der Führung seines ehemaligen Vorgesetzten, des skrupellosen Oberstleutnants Jack Halle, die Einrichtung stürmen. Sie sind auf der Jagd nach Eindringlingen aus der neutralen Side-8-Kolonie Gaea. Mark rettet eine von ihnen, eine junge Biologin namens Cynthia Graves, davor, von Halle hingerichtet zu werden – eine Tat, die ihn zum Flüchtling macht.

Cynthia enthüllt, dass sie ein revolutionäres Enzym besitzt, das es ermöglicht, Nahrung unter Wasser anzubauen, eine Entdeckung, die die globale Nahrungsmittelkrise beenden und CONSENTs Macht brechen könnte. Da die CONSENT-Führung, einschließlich des ehrgeizigen Generals Garneaux, entschlossen ist, diese Technologie zu beschlagnahmen oder zu zerstören, um die Kontrolle durch selektiven Hunger aufrechtzuerhalten, fliehen Mark, Cynthia, ihre Forschungsassistenten und Marks eifersüchtige Verlobte Mimi Devere, die ebenfalls eine CONSENT-Geheimdienstoffizierin ist, ins All. Von Halle des Mordes bezichtigt, sucht Mark Zuflucht bei einem alten Bekannten, Philippe San Simeone, einem Mitglied der Illuminati, einer privaten paramilitärischen Organisation, die sich CONSENT widersetzt. Philippe vertraut Mark einen leistungsstarken neuen Prototyp-Mobile-Suit an, den G-Saviour.

Die Gruppe trifft auf Gaea ein, wo Cynthias Vater der oberste Ratsherr ist, gerade als eine CONSENT-Flotte zum Angriff übergeht. Nach einem Verrat durch Mimi, der die Verteidigungssysteme der Kolonie hackt, ist Mark gezwungen, die veraltete Mobile-Suit-Truppe von Gaea gegen die technologisch überlegenen Streitkräfte des Kongresses anzuführen. In der folgenden Schlacht steuert Mark den G-Saviour, um gegen Jack Halle in seinem fortschrittlichen CAMS-13 MS-Rai zu kämpfen, während General Garneaux seinen wahren Plan enthüllt, die Enzymprobe zu zerstören und massiven Hunger zu erzwingen. Die Illuminati-Flotte trifft ein, um die Schlacht zu wenden. In der finalen Konfrontation versucht Garneaux zu fliehen, wird aber abgeschossen, während eine reumütige Mimi enthüllt, dass sie die Enzymprobe ausgetauscht und so gerettet hat. Nach der Niederlage Halles und dem Rückzug der CONSENT-Truppen sichert sich Gaea seine Unabhängigkeit, und Mark entscheidet sich, mit Cynthia zu gehen, um das Enzym zur Erde zu bringen.