"Mobile Suit Gundam 00: A Wakening of the Trailblazer (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Anime-Films und spielt in der Gundam-00-Zeitlinie. Die Handlung setzt zwei Jahre nach den Ereignissen der zweiten Staffel der Anime-Serie ein. Die Erde hat eine neue Ära des Friedens erreicht, nachdem die bewaffnete Interventionstruppe Celestial Being ihre Mission zur Beseitigung von Konflikten erfolgreich abgeschlossen hat. Die Menschheit hat begonnen, sich im Weltraum auszubreiten, und die Erde wird von der Earth Sphere Federation regiert.

Doch der Frieden wird bedroht, als mysteriöse außerirdische Lebensformen, bekannt als ELS (Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters), auftauchen. Diese metallischen Wesen scheinen auf der Suche nach Kontakt zu sein, doch ihre Kommunikationsversuche führen zu Zerstörung und Chaos. Die Earth Sphere Federation und Celestial Being müssen sich zusammenschließen, um diese neue Bedrohung zu bekämpfen.

Die Protagonisten der Geschichte sind die Gundam-Piloten von Celestial Being, darunter Setsuna F. Seiei, der als Innovator eine besondere Verbindung zu den ELS entwickelt. Setsuna und seine Mitstreiter, darunter Lockon Stratos, Allelujah Haptism und Tieria Erde, müssen nicht nur gegen die ELS kämpfen, sondern auch mit internen Konflikten und der Frage umgehen, wie sie mit einer völlig fremden Lebensform interagieren können. Die Handlung erforscht Themen wie Verständigung, Koexistenz und die Grenzen menschlicher Technologie.

Die Geschichte gipfelt in einem epischen Konflikt, bei dem die Zukunft der Menschheit und der ELS auf dem Spiel steht. Die Charaktere müssen ihre eigenen Überzeugungen und Ziele hinterfragen, während sie versuchen, eine Lösung zu finden, die über bloße Zerstörung hinausgeht. Der Manga bleibt dabei eng an der Vorlage des Films, bietet jedoch zusätzliche Einblicke in die Gedanken und Motivationen der Charaktere, was die Handlung vertieft und die emotionalen Aspekte der Geschichte verstärkt.