"Pokémon: Arceus und das Juwel des Lebens" ist ein Manga, der auf dem gleichnamigen Pokémon-Film basiert und die Geschichte des legendären Pokémon Arceus sowie dessen Konflikt mit der Menschheit erzählt. Die Handlung beginnt in der Vergangenheit, als Arceus, das als Schöpfer der Pokémon-Welt gilt, sein Leben opfert, um die Erde vor einer drohenden Zerstörung zu retten. Als Dank erhält Arceus von den Menschen ein Juwel, das "Juwel des Lebens", welches seine Kräfte wiederherstellen soll. Doch die Menschen betrügen Arceus und geben ihm ein gefälschtes Juwel, woraufhin Arceus in einen tiefen Schlaf fällt und von den Menschen enttäuscht ist.

Jahrhunderte später erwacht Arceus und kehrt zurück, um Rache an der Menschheit zu nehmen. Die Protagonisten Ash, Dawn und Brock begeben sich in die Vergangenheit, um den Fehler der Menschen zu korrigieren und Arceus zu besänftigen. Dabei treffen sie auf Sheena, eine Nachfahrin der ursprünglichen Betrüger, und ihren Begleiter Kevin. Gemeinsam reisen sie in die antike Stadt Michina, wo der ursprüngliche Betrug stattfand. Dort versuchen sie, das echte Juwel des Lebens zurückzugeben und Arceus davon zu überzeugen, dass nicht alle Menschen untreu sind.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Arceus' Zorn nicht nur auf dem Betrug beruht, sondern auch auf der Zerstörung der natürlichen Balance durch die Menschen. Die Charaktere müssen nicht nur das Juwel zurückgeben, sondern auch beweisen, dass Mensch und Pokémon in Harmonie leben können. Dabei spielen Dialga, Palkia und Giratina, drei weitere legendäre Pokémon, eine entscheidende Rolle, da sie in den Konflikt verwickelt sind und versuchen, die Zeitlinie zu stabilisieren.

Der Manga behandelt Themen wie Vertrauen, Verantwortung und die Beziehung zwischen Mensch und Natur. Die Handlung ist geprägt von Action, emotionalen Momenten und der typischen Pokémon-Dynamik, bei der Freundschaft und Zusammenarbeit im Mittelpunkt stehen. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Geschichte weiter, insbesondere Sheena, die sich ihrer Verantwortung als Vermittlerin zwischen Mensch und Pokémon bewusst wird. Am Ende gelingt es den Protagonisten, Arceus zu besänftigen und die Balance in der Welt wiederherzustellen, wodurch eine Katastrophe verhindert wird.