"Knights of Sidonia" ist eine Science-Fiction-Manga-Serie, die in einer fernen Zukunft spielt, in der die Menschheit vor der Auslöschung durch eine außerirdische Spezies, den Gauna, flieht. Die Überlebenden leben auf einem riesigen Generationenraumschiff namens Sidonia, das durch das All driftet. Die Gesellschaft auf der Sidonia hat sich an die harten Lebensbedingungen angepasst, einschließlich der Fähigkeit zur Photosynthese, um Ressourcen zu sparen, und einer strengen Hierarchie, die das Überleben sichert.

Die Handlung konzentriert sich auf Nagate Tanikaze, einen jungen Mann, der sein gesamtes Leben in den unterirdischen Bereichen der Sidonia verbracht hat, abgeschottet von der restlichen Bevölkerung. Als er an die Oberfläche gelangt, wird er aufgrund seiner außergewöhnlichen Fähigkeiten als Pilot für die Garde-Klasse, einer Eliteeinheit von Mech-Piloten, rekrutiert. Diese Piloten steuern sogenannte Garde-Einheiten, riesige Roboter, die im Kampf gegen die Gauna eingesetzt werden. Die Gauna sind mysteriöse, formverändernde Wesen, die die Sidonia und andere menschliche Kolonien bedrohen.

Im Laufe der Serie entwickelt sich Nagate zu einem der fähigsten Piloten der Sidonia und spielt eine zentrale Rolle im Kampf gegen die Gauna. Dabei trifft er auf eine Vielzahl von Charakteren, darunter Shizuka Hoshijiro, eine talentierte Pilotin, mit der er eine enge Beziehung aufbaut, und Izana Shinatose, eine geschlechtslose Person, die sich im Laufe der Geschichte weiterentwickelt. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind komplex und werden durch die ständige Bedrohung durch die Gauna sowie die gesellschaftlichen Strukturen der Sidonia geprägt.

Die Handlung wird durch politische Intrigen, wissenschaftliche Entdeckungen und ethische Dilemmata vorangetrieben. Die Sidonia steht nicht nur vor der Herausforderung, die Gauna zu bekämpfen, sondern muss auch interne Konflikte bewältigen, darunter Machtkämpfe innerhalb der Führung und die Frage, wie weit die Menschheit gehen darf, um zu überleben. Themen wie genetische Manipulation, künstliche Intelligenz und die Natur der Menschheit werden im Verlauf der Serie immer wieder aufgegriffen.

Die Serie zeichnet sich durch eine dichte, oft düstere Atmosphäre aus, die durch die ständige Bedrohung durch die Gauna und die Isolation der Sidonia im Weltraum verstärkt wird. Die Kämpfe zwischen den Garde-Einheiten und den Gauna sind intensiv und oft von hohen Verlusten geprägt, was die Gefahren und die Unsicherheit des Überlebenskampfes unterstreicht. "Knights of Sidonia" bietet eine komplexe und vielschichtige Erzählung, die Science-Fiction-Elemente mit menschlichen Dramen und philosophischen Fragen verbindet.