"Atelier Marie and Elie - Zarlburge Alchemist (Manga)" spielt in der fiktiven Welt von Zarlburge, einer Stadt, die für ihre Alchemie bekannt ist. Die Handlung dreht sich um zwei junge Alchemistinnen, Marie und Elie, die an der Zarlburge-Akademie studieren. Marie ist eine talentierte, aber unerfahrene Alchemistin, die oft von ihrem Mentor Ingrid getadelt wird, da sie ihre Aufgaben nicht ernst genug nimmt. Elie hingegen ist eine begabte und fleißige Schülerin, die jedoch unter dem Druck leidet, stets perfekt sein zu müssen.

Die Geschichte beginnt mit Marie, die aufgrund ihrer mangelnden Fortschritte von der Akademie verwiesen zu werden droht. Um dies zu verhindern, erhält sie eine letzte Chance: Sie muss innerhalb eines Jahres einen bedeutenden alchemistischen Erfolg vorweisen. Marie begibt sich auf eine Reise, um neue Rezepte, Zutaten und Wissen zu sammeln. Dabei trifft sie auf verschiedene Charaktere, darunter Abenteurer, Händler und andere Alchemisten, die ihr auf ihrem Weg helfen.

Elie, die zunächst als Konkurrentin von Marie dargestellt wird, entwickelt sich im Laufe der Geschichte zu einer engen Freundin und Verbündeten. Beide arbeiten zusammen, um ihre alchemistischen Fähigkeiten zu verbessern und Herausforderungen zu meistern. Die Handlung betont die Bedeutung von Freundschaft, Zusammenarbeit und persönlichem Wachstum, während die Protagonistinnen sowohl alchemistische als auch persönliche Hindernisse überwinden.

Neben den Hauptcharakteren spielen auch Nebenfiguren wie der mysteriöse Alchemist Hagel und der Abenteurer Klein eine wichtige Rolle. Sie tragen zur Entwicklung der Handlung bei und bieten Einblicke in die vielfältige Welt von Zarlburge. Die Geschichte verbindet Elemente des Alltagslebens an der Akademie mit abenteuerlichen Erkundungen und alchemistischen Experimenten, wodurch eine abwechslungsreiche und fesselnde Erzählung entsteht.