"Samurai Gun" spielt in einer alternativen Version des Japans während der Bakumatsu-Zeit, einer Periode des politischen Umbruchs und des Niedergangs des Shogunats. In dieser Welt existieren neben traditionellen Samurai auch fortschrittliche Technologien wie Schusswaffen, die den Konflikt zwischen Tradition und Moderne symbolisieren. Die Handlung konzentriert sich auf Ichimatsu, einen rätselhaften und stoischen Samurai, der mit einer speziellen Waffe ausgestattet ist – einer Kombination aus Schwert und Revolver. Er ist Teil einer geheimen Organisation, die gegen korrupte Regierungsbeamte und skrupellose Waffenhändler kämpft, die das Land destabilisieren.

Ichimatsu wird von seiner Vergangenheit verfolgt, insbesondere von einem traumatischen Ereignis, das ihn dazu brachte, seine Familie zu verlassen und sich der Organisation anzuschließen. Seine Missionen führen ihn durch eine düstere und gewalttätige Welt, in der Loyalität und Moral ständig auf die Probe gestellt werden. Neben Ichimatsu gibt es weitere Schlüsselcharaktere wie Okuni, eine junge Frau, die sich ihm anschließt und ihre eigenen Motive verfolgt, sowie verschiedene Gegner, die die komplexen Machtverhältnisse der Zeit repräsentieren.

Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, persönlichen Rachefeldzügen und der Frage, ob Gewalt gerechtfertigt ist, um Frieden zu erreichen. Die Charaktere sind oft in moralische Grauzonen verstrickt, und ihre Entscheidungen haben weitreichende Konsequenzen. Die Serie verbindet historische Elemente mit fiktionalen Aspekten, wobei die Schusswaffen als Symbol für den Wandel und die Zerstörung traditioneller Werte dienen. Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Episoden, die sowohl Ichimatsus persönliche Entwicklung als auch die größeren politischen Konflikte beleuchten.