"Samurai Gun" spielt in einer alternativen Version des feudalen Japans, in der die Samurai-Klasse durch den Einsatz von Schusswaffen revolutioniert wird. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Samurai, die als "Samurai Gun" bekannt sind und gegen die Unterdrückung durch die herrschende Klasse kämpfen. Diese Samurai sind mit speziellen Waffen ausgestattet, die ihnen übermenschliche Fähigkeiten verleihen, und sie setzen diese ein, um Gerechtigkeit in einer von Korruption und Gewalt geprägten Welt zu schaffen.

Die Hauptfigur ist Ichimatsu, ein ruhiger und entschlossener Samurai, der sich der Gruppe anschließt, nachdem seine Familie von korrupten Herrschern getötet wurde. Er wird von anderen Mitgliedern der Gruppe begleitet, darunter der charismatische Anführer Kanna, der strategisch denkende Shintarou und die mysteriöse Kriegerin Ran. Jeder Charakter hat eine eigene Motivation und Hintergrundgeschichte, die ihre Handlungen und Loyalitäten beeinflusst.

Die Serie folgt den Missionen der Gruppe, bei denen sie gegen verschiedene Feinde kämpfen, darunter korrupte Beamte, rivalisierende Samurai-Clans und sogar übernatürliche Kräfte. Dabei werden Themen wie Rache, Loyalität und die moralischen Dilemmata des Einsatzes von Gewalt für einen höheren Zweck erforscht. Die Handlung ist in mehrere Episoden unterteilt, die sowohl eigenständige Geschichten als auch übergeordnete Handlungsstränge enthalten, die sich im Laufe der Serie entwickeln.

Die Welt von "Samurai Gun" ist düster und gewalttätig, mit einer Atmosphäre, die von politischen Intrigen und sozialen Ungerechtigkeiten geprägt ist. Die Serie kombiniert historische Elemente mit fantastischen Aspekten, insbesondere durch die Verwendung der mystischen Schusswaffen, die den Samurai ihre besonderen Fähigkeiten verleihen. Diese Mischung aus Action, Drama und übernatürlichen Elementen macht die Serie zu einer vielschichtigen Erzählung über Macht, Rebellion und die Suche nach Gerechtigkeit in einer unvollkommenen Welt.