"Unlimited Fafnir" ist eine Manga-Serie, die auf der gleichnamigen Light-Novel-Reihe von Tsukasa basiert. Die Handlung spielt in einer Welt, in der mysteriöse Drachen, bekannt als "D", plötzlich auf der Erde erscheinen und Chaos verbreiten. Diese Drachen sind nicht nur mächtig, sondern auch in der Lage, menschliche Formen anzunehmen, was sie noch gefährlicher macht. Um dieser Bedrohung entgegenzuwirken, wird die Organisation "NIFL" gegründet, die speziell ausgebildete Kämpferinnen, sogenannte "D-Kräfte", einsetzt. Diese Mädchen besitzen die Fähigkeit, die Kräfte der Drachen zu nutzen, um gegen sie zu kämpfen.

Die Geschichte konzentriert sich auf den Protagonisten Yuu Mononobe, der als einziger männlicher D-Kraft-Träger gilt. Nachdem er seine Schwester Mitsuki bei einem Angriff der Drachen verloren zu haben glaubt, wird er an die Midgard-Akademie versetzt, eine Schule, die speziell für die Ausbildung von D-Kräften eingerichtet wurde. Dort trifft er auf eine Gruppe von Mädchen, die ebenfalls über drakonische Kräfte verfügen, darunter die ruhige und zurückhaltende Iris Freyja, die temperamentvolle Tear Lightning und die geheimnisvolle Lisa Highwalker.

Im Laufe der Serie wird Yuu in zahlreiche Konflikte verwickelt, die sowohl die Bedrohung durch die Drachen als auch die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren thematisieren. Es stellt sich heraus, dass Mitsuki tatsächlich noch am Leben ist und ebenfalls eine D-Kraft-Trägerin ist. Die Beziehung zwischen den Geschwistern wird durch die neuen Umstände auf die Probe gestellt, da Mitsuki nun eine Führungsrolle innerhalb der Akademie einnimmt.

Ein zentrales Element der Handlung ist die Entdeckung, dass die Drachen nicht nur zufällige Zerstörer sind, sondern eine tiefere Verbindung zur Menschheit haben. Die Charaktere müssen sich mit moralischen Dilemmata auseinandersetzen, insbesondere mit der Frage, ob die Drachen vollständig vernichtet werden sollten oder ob es einen Weg gibt, friedlich mit ihnen zu koexistieren. Die Serie kombiniert Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, während sie die Entwicklung der Charaktere und ihre Beziehungen zueinander in den Vordergrund stellt.