"Anitomo (Manga)" erzählt die Geschichte von Yui, einer Schülerin, die sich in der Highschool oft einsam und unverstanden fühlt. Sie verbringt ihre Zeit lieber mit Anime und Manga, als sich mit Gleichaltrigen zu beschäftigen. Eines Tages trifft sie auf Haruto, einen Mitschüler, der ähnliche Interessen teilt. Die beiden entdecken, dass sie nicht nur die gleichen Hobbys haben, sondern auch ähnliche Herausforderungen im Schulalltag meistern müssen. Ihre Freundschaft vertieft sich, als sie gemeinsam einen Anime- und Manga-Club gründen, um Gleichgesinnte zu finden und ihre Leidenschaft zu teilen.

Im Laufe der Serie werden die Charaktere mit verschiedenen Themen konfrontiert, darunter soziale Akzeptanz, Selbstfindung und die Balance zwischen persönlichen Interessen und schulischen Verpflichtungen. Yui und Haruto lernen, ihre Ängste zu überwinden und neue Freundschaften zu schließen, während sie sich gleichzeitig mit den typischen Problemen des Jugendalters auseinandersetzen. Neben den beiden Protagonisten gibt es eine Reihe von Nebenfiguren, die den Club bereichern und unterschiedliche Perspektiven auf das Leben als Anime- und Manga-Fan einbringen.

Die Handlung entwickelt sich durch episodenhafte Geschichten, die sowohl humorvolle als auch ernste Momente enthalten. Dabei werden Themen wie Teamarbeit, Kreativität und die Bedeutung von Gemeinschaft behandelt. Die Dynamik zwischen den Charakteren wird durch ihre gemeinsamen Projekte, wie das Erstellen von Fanart oder das Organisieren von Cosplay-Events, weiter vertieft. "Anitomo" bietet eine realistische Darstellung des Lebens von Jugendlichen, die sich in der Welt der Popkultur zu Hause fühlen, und zeigt, wie sie durch ihre Leidenschaften zueinander finden.