"Aquarion Evol" ist eine Manga-Serie, die in einer futuristischen Welt spielt, in der die Menschheit durch eine mysteriöse Energiequelle namens "Element" bedroht wird. Die Handlung dreht sich um die Organisation DEAVA, die gegründet wurde, um die Erde vor den Angriffen der Abyssos zu schützen, einer feindlichen Rasse aus einer anderen Dimension. DEAVA setzt auf die Kraft der "Aquaria", riesige mechanische Wesen, die durch die Fusion von drei Piloten gesteuert werden. Diese Piloten müssen eine tiefe emotionale und spirituelle Verbindung zueinander aufbauen, um die volle Kraft der Aquaria zu entfalten.

Im Zentrum der Geschichte steht Amata Sora, ein junger Mann, der über die Fähigkeit verfügt, zu fliegen, was in dieser Welt äußerst selten ist. Amata wird von DEAVA rekrutiert, nachdem er versehentlich in einen Kampf gegen die Abyssos gerät. Dort trifft er auf Mikono Suzushiro, eine mysteriöse junge Frau, die eine Schlüsselrolle in der Geschichte spielt. Mikono ist die Reinkarnation einer wichtigen Figur aus der Vergangenheit, deren Schicksal eng mit dem Kampf gegen die Abyssos verknüpft ist. Zusammen mit weiteren Piloten, darunter der charismatische Zessica Wong und der ernsthafte Kagura Demuri, bilden sie ein Team, das gegen die Bedrohung kämpft.

Die Handlung erforscht Themen wie Schicksal, Wiedergeburt und die Macht der menschlichen Verbindung. Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Konflikte zwischen den Charakteren und den Abyssos tief in der Vergangenheit verwurzelt sind, insbesondere in einer alten Legende über die Trennung von zwei Liebenden, die als "Solar Wing" und "Lunar Wing" bekannt sind. Diese Legende spielt eine zentrale Rolle in der Entwicklung der Charaktere und der Auflösung des Konflikts.

Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind komplex und oft von Spannungen geprägt. Amata und Mikono entwickeln eine enge Bindung, die jedoch durch die Anwesenheit von Kagura, der ebenfalls Gefühle für Mikono hegt, erschwert wird. Zessica, die zunächst als Rivale auftritt, zeigt im Laufe der Serie tiefere Facetten ihrer Persönlichkeit und spielt eine entscheidende Rolle in der Entwicklung der Handlung.

Die Serie kombiniert Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, wobei die Kämpfe zwischen den Aquaria und den Abyssos im Mittelpunkt stehen. Die Handlung führt zu einem Höhepunkt, in dem die wahren Absichten der Abyssos und die Verbindung zwischen den Charakteren und der alten Legende aufgedeckt werden. Die finale Konfrontation bringt die Themen der Serie zur vollen Entfaltung und führt zu einer Auflösung, die sowohl die Vergangenheit als auch die Zukunft der Charaktere betrifft.