"Kongōji-san wa Mendōkusai" ist eine Manga-Serie, die sich um die Protagonistin Kongōji Misuzu dreht, eine Schülerin, die aufgrund ihrer strengen und ernsten Art oft als unnahbar wahrgenommen wird. Misuzu ist eine disziplinierte und pflichtbewusste Person, die sich stets an Regeln hält und wenig Geduld für Nachlässigkeit oder Unordnung hat. Ihr strenges Auftreten führt dazu, dass viele ihrer Mitschüler sie meiden oder sie als "lästig" empfinden, was den Titel der Serie erklärt.

Die Handlung entfaltet sich vor allem durch die Interaktionen zwischen Misuzu und ihren Klassenkameraden, insbesondere mit dem leichtlebigen und unordentlichen Schüler Tachibana Kōta. Kōta ist das genaue Gegenteil von Misuzu – unorganisiert, nachlässig und oft unmotiviert. Trotz ihrer unterschiedlichen Persönlichkeiten entwickelt sich zwischen den beiden eine unerwartete Dynamik, da Misuzu versucht, Kōta zu disziplinieren und ihn dazu zu bringen, sich mehr Mühe zu geben. Diese Bemühungen führen oft zu humorvollen und manchmal auch herzlichen Momenten, die den Kern der Serie bilden.

Im Laufe der Geschichte werden weitere Charaktere eingeführt, die die Beziehungen und Konflikte innerhalb der Klasse bereichern. Dazu gehören unter anderem Misuzus Freundinnen, die ihre strenge Art zwar respektieren, aber auch versuchen, sie zu lockern, sowie andere Mitschüler, die auf unterschiedliche Weise mit Misuzus Perfektionismus und Kōtas Nachlässigkeit konfrontiert werden. Die Serie erkundet Themen wie Freundschaft, persönliches Wachstum und die Herausforderungen, die entstehen, wenn Menschen mit völlig unterschiedlichen Lebensansichten aufeinandertreffen.

Die Handlung bleibt weitgehend alltäglich und konzentriert sich auf schulische Situationen, Freizeitaktivitäten und die zwischenmenschlichen Beziehungen der Charaktere. Dabei wird oft humorvoll aufgezeigt, wie Misuzus Bemühungen, Ordnung und Disziplin durchzusetzen, auf die chaotische Realität ihrer Umgebung treffen. Gleichzeitig wird ihre Entwicklung als Charakter erkundet, da sie langsam lernt, dass nicht alles im Leben perfekt sein muss und dass auch sie von den lockeren Ansichten anderer profitieren kann.