"Persona×Detective NAOTO" ist eine Manga-Serie, die im Universum der "Persona"-Reihe angesiedelt ist und den Charakter Naoto Shirogane aus "Persona 4" in den Mittelpunkt stellt. Die Handlung spielt einige Jahre nach den Ereignissen von "Persona 4" und folgt Naoto, die mittlerweile als Detektiv arbeitet. Sie wird in eine Reihe mysteriöser Fälle verwickelt, die übernatürliche Elemente und Verbindungen zur Welt der "Shadows" aufweisen.

Die Geschichte beginnt mit dem Auftauchen eines neuen, rätselhaften Phänomens, das als "Phantom Thief" bekannt ist. Dieser Dieb hinterlässt bei seinen Verbrechen stets Hinweise, die auf eine Verbindung zu den "Shadows" hindeuten. Naoto wird von der Polizei hinzugezogen, um den Fall zu lösen. Dabei stößt sie auf eine Gruppe von Jugendlichen, die ebenfalls in die mysteriösen Vorfälle verwickelt sind. Diese Jugendlichen besitzen die Fähigkeit, "Personas" zu beschwören, ähnlich wie Naoto selbst.

Im Laufe der Ermittlungen deckt Naoto eine Verschwörung auf, die tief in die Welt der "Shadows" und der "Personas" reicht. Sie muss nicht nur den Phantom Thief stellen, sondern auch die wahren Absichten hinter den mysteriösen Ereignissen aufdecken. Dabei wird sie mit ihren eigenen Ängsten und Zweifeln konfrontiert, die sie in ihrer Vergangenheit überwunden zu haben glaubte.

Die Serie verbindet Elemente des Detektivgenres mit den übernatürlichen und psychologischen Themen, die für die "Persona"-Reihe charakteristisch sind. Naoto Shirogane bleibt die zentrale Figur, deren analytischer Verstand und Entschlossenheit im Mittelpunkt stehen. Die Handlung ist geprägt von komplexen Rätseln, moralischen Dilemmata und der fortwährenden Auseinandersetzung mit den inneren Dämonen der Charaktere.