"Original Chronicle Magical Girl Lyrical Nanoha The 1st" ist eine Manga-Adaption der ersten Staffel der Anime-Serie "Magical Girl Lyrical Nanoha". Die Handlung dreht sich um die neunjährige Nanoha Takamachi, ein normales Mädchen, das in der modernen Welt lebt. Eines Tages entdeckt sie einen verletzten magischen Wesen namens Yuuno Scrya, der die Form eines kleinen Tieres annimmt. Yuuno bittet Nanoha um Hilfe, um magische Juwelen, die "Jewel Seeds", einzusammeln, die auf der Erde verstreut sind und potenziell gefährliche Kräfte besitzen.

Nanoha erhält von Yuuno den magischen Stab "Raising Heart", der ihr die Fähigkeit verleiht, Magie zu nutzen und in eine Magical Girl zu verwandeln. Gemeinsam beginnen sie, die Jewel Seeds zu suchen, um zu verhindern, dass sie in die falschen Hände geraten. Während ihrer Mission trifft Nanoha auf Fate Testarossa, ein weiteres Magical Girl, das ebenfalls die Jewel Seeds sammelt, jedoch mit anderen Absichten. Fate wird von ihrer Mutter, Precia Testarossa, manipuliert, die die Jewel Seeds nutzen will, um ihre verstorbene Tochter Alicia wiederzubeleben.

Die Geschichte entwickelt sich zu einem Konflikt zwischen Nanoha und Fate, wobei Nanoha versucht, Fate davon zu überzeugen, dass ihre Handlungen falsch sind. Im Laufe der Ereignisse wird deutlich, dass Fate unter emotionalem Druck und Misshandlung durch ihre Mutter leidet. Nanoha setzt alles daran, Fate zu retten und ihr zu zeigen, dass es einen anderen Weg gibt. Der Höhepunkt der Handlung führt zu einem finalen Kampf, in dem Nanoha und Fate ihre Kräfte messen, während die wahren Absichten von Precia ans Licht kommen.

Die Charaktere sind zentral für die Handlung: Nanoha verkörpert Entschlossenheit und Mitgefühl, während Fate als komplexe Figur dargestellt wird, die zwischen Gehorsam und dem Wunsch nach Freiheit schwankt. Yuuno fungiert als Unterstützer und Mentor für Nanoha, während Precia als Antagonistin die moralischen Konflikte der Geschichte vorantreibt. Die Handlung kombiniert Elemente von Magie, Science-Fiction und emotionalen Konflikten, wobei die Beziehung zwischen Nanoha und Fate im Mittelpunkt steht.