"Vampire Knight: Memories" ist eine Fortsetzung der ursprünglichen "Vampire Knight"-Reihe und setzt die Geschichte der Protagonisten Yuki Cross, Zero Kiryu und Kaname Kuran fort. Die Handlung spielt in einer Welt, in der Vampire und Menschen koexistieren, jedoch oft in Konflikt geraten. Yuki, die als Kind von Kaname gerettet und adoptiert wurde, ist eine ehemalige Schülerin der Cross Academy, einer Schule, die sowohl menschliche als auch vampirische Schüler unterrichtet. Zero, ein ehemaliger Klassenkamerad und Vampirjäger, teilt eine komplexe Beziehung zu Yuki, die von Loyalität, Rivalität und unerwiderter Liebe geprägt ist. Kaname, ein reiner Vampir und Yuki’s Beschützer, steht im Zentrum vieler Konflikte, da er sowohl Yuki als auch die Vampirgesellschaft vor Bedrohungen schützt.

Die Handlung von "Vampire Knight: Memories" konzentriert sich auf die Folgen der Ereignisse aus der vorherigen Serie, insbesondere auf die Konsequenzen von Kanames Entscheidungen und die fortwährenden Spannungen zwischen Vampiren und Menschen. Yuki, die nun eine erwachsene Frau ist, muss sich mit ihrer Vergangenheit auseinandersetzen und ihre Rolle in der sich verändernden Welt definieren. Zero, der weiterhin als Vampirjäger arbeitet, kämpft mit seinen eigenen inneren Dämonen und seiner Loyalität gegenüber Yuki. Kaname, dessen Handlungen oft undurchsichtig sind, bleibt eine zentrale Figur, die die Schicksale der anderen Charaktere beeinflusst.

Die Serie erforscht Themen wie Identität, Loyalität und die moralischen Grauzonen zwischen Gut und Böse. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind komplex und oft von Tragik geprägt, wobei die Vergangenheit stets eine wichtige Rolle spielt. Neue Charaktere und Konflikte werden eingeführt, die die Dynamik zwischen den Hauptfiguren weiter vertiefen. Die Handlung bleibt eng mit den mythologischen und gesellschaftlichen Aspekten der Vampirwelt verbunden, während sie gleichzeitig die persönlichen Entwicklungen der Charaktere in den Vordergrund stellt.