Das Suikoden-Manga existiert in mehreren eigenständigen Adaptionen, die jeweils auf verschiedenen Teilen der Rollenspielserie von Konami basieren. Die bekannteste davon ist die Adaption von Suikoden III, illustriert von Aki Shimizu, die sich über elf Bände erstreckt.

Diese Geschichte spielt in den Graslanden, einer weiten Ebene, die die Heimat mehrerer verbündeter Clans ist, und dem benachbarten Zexen-Commonwealth, einer mächtigen Nation von Rittern. Diese beiden Fraktionen sind seit Generationen in einen erbitterten Krieg verwickelt. Die Handlung wird von drei Hauptfiguren von gegnerischen Seiten vorangetrieben, deren Schicksale sich miteinander verflechten. Hugo ist der jugendliche Sohn des Häuptlings des Karaya-Clans, in den Graslanden aufgewachsen und dazu erzogen, gegen Zexen zu kämpfen. Chris Lightfellow, bekannt als die Silberne Maid, ist eine junge und äußerst talentierte Hauptmann der Zexen-Ritter, die von dem Verlust ihres Vaters im Konflikt vor Jahren verfolgt wird. Der dritte Protagonist ist Geddoe, der wortkarge Hauptmann einer Söldnereinheit im Dienst des Heiligen Harmonischen Imperiums, eines mächtigen theokratischen Staates im Norden, dessen fünfzigjähriger Waffenstillstand mit den Graslanden kurz vor dem Auslaufen steht.

Als Hugo als Gesandter geschickt wird, um Frieden mit Zexen auszuhandeln, wird Chris gleichzeitig mit einer ähnlichen Mission des Waffenstillstands ins Karaya-Dorf entsandt. Doch eine mysteriöse dritte Partei sabotiert diese Bemühungen. Chris wird des Mordes an einem Häuptling des Echsen-Clans bezichtigt, was sie zwingt, ihren Männern zu befehlen, das Karaya-Dorf niederzubrennen, um zu entkommen. Im darauffolgenden Chaos tötet sie in Notwehr einen von Hugos Freunden, eine Tat, die Hugo miterlebt und die in ihm ein brennendes Verlangen nach Rache entfacht. Die Lage eskaliert dramatisch, als das Harmonische Imperium die Graslande überfällt, angeblich um einen der 27 Wahren Runen wiederzuerlangen, mächtige magische Artefakte, die die grundlegenden Aspekte der Welt regieren. Gerüchte über die Rückkehr des legendären Flammenchampions verbreiten sich, eines Helden, der die Wahre Feuer-Rune führte und Harmonia vor fünfzig Jahren besiegte. Während Hugo, Chris und Geddoe ihren eigenen Zielen nachgehen, werden sie in einen sich ausweitenden Konflikt hineingezogen, der komplexe Allianzen erzwingt und die Grenzen zwischen Held und Schurken verwischt, während sie sich gegen einen gemeinsamen imperialen Feind vereinen. Die Serie erkundet Themen wie Rache, Pflicht und den zyklischen Charakter des Krieges und verfügt über eine große Besetzung von Charakteren, darunter eine zigarettenrauchende Militärente und eine Armee von axtschwingenden Kaninchen.

Ein weiterer Manga, Gensou Suikoden: Soul Eater, ist eine dreibändige Adaption des ersten Suikoden-Spiels. Er folgt Tir McDohl, dem Sohn eines großen Generals des Scharlachroten Mond-Imperiums. Als sein Vater in die Schlacht gerufen wird, beginnt Tir seine eigene Karriere in der Imperialen Armee. Durch seinen Freund Ted gelangt er in den Besitz der Soul Eater, einer Wahren Rune, die über Leben und Tod herrscht. Korrupte Beamte innerhalb des Imperiums, angeführt von der Hofmagierin Windy, jagen diese Rune erbarmungslos, was Tir und seine Gefährten zur Flucht aus der Hauptstadt zwingt. Er trifft bald auf eine Rebellenorganisation, und nach einem verheerenden Angriff auf ihr Versteck lässt sich Tir überzeugen, die Sache aufzunehmen. Mit Hilfe des ehemaligen imperialen Strategen Mathiu Silverberg baut er aus einer kleinen Gruppe von Rebellen eine Befreiungsarmee auf, die mächtig genug ist, um das korrupte Scharlachrote Mond-Imperium zu stürzen. Der früheste und seltenste Manga ist die Konami Parody Comic Series Genso Suikoden, die noch vor der Veröffentlichung von Suikoden II publiziert wurde und eine Mischung aus ernsten und humorvollen Geschichten über Charaktere aus dem Originalspiel bietet, einschließlich Ereignissen wie Odessa Silverbergs Hochzeit.