Ein junger Junge namens Shu Matsutani, ein leidenschaftlicher Kendō-Schüler, sieht bei Sonnenuntergang ein seltsames Mädchen mit blauen Haaren, das allein auf einem Fabrikschornstein sitzt. Als er versucht, das Mädchen Lala-Ru vor mysteriösen Entführern zu schützen, die drachenartige mechanische Transporter steuern, wird er versehentlich in eine andere Welt transportiert. Diese neue Realität ist eine trostlose, postapokalyptische Ödnis, die von einer geschwollenen roten Sonne am dunklen Himmel beherrscht wird, wo Wasser die wertvollste und knappste Ressource ist.

Shu wird schnell gefangen genommen und an Bord einer massiven, mobilen Festung namens Hellywood inhaftiert, dem Herrschaftssitz eines wahnsinnigen und kindischen Diktators namens Hamdo. Hamdo sucht besessen nach Lala-Ru, weil sie ein Amulett besitzt, das ein riesiges Wasserreservoir enthält, das sie mit ihrem Willen kontrollieren kann. Im brutalen Gefängnis der Festung trifft Shu Sara, ein amerikanisches Mädchen, das versehentlich entführt wurde. Sie wird in die Armeeunterkünfte gezwungen und erleidet wiederholt sexuelle Übergriffe.

Um zu überleben, wird Shu in Hamdos Armee eingezogen, einer Einheit von Kindersoldaten unter der Führung eines Jungen namens Nabuca. Diese Kinder werden darauf trainiert, Dörfer zu überfallen, Frauen zur Fortpflanzung zu entführen und verwaiste Jungen zu fangen, um ihre eigenen schwindenden Reihen aufzufüllen. Shu, bewaffnet nur mit seinem hölzernen Übungsschwert und seinem unerschütterlichen Glauben an Gewaltlosigkeit und das inhärente Gute im Menschen, erträgt unerbittliche Folter, Hunger und die Schrecken des Krieges. Er kämpft darum, die emotional distanzierte und nahezu unsterbliche Lala-Ru zu schützen, die in ihrem langen Leben desillusioniert von der Menschheit geworden ist, während er versucht, seine eigene Menschlichkeit angesichts sinnloser Brutalität zu bewahren.

Die Erzählung folgt Shu, als er von Hellywood zur Widerstandsfestung Zari-Bars gebracht wird, wo eine harte aber fürsorgliche Frau namens Sis Kriegswaisen betreut. Die Geschichte erreicht ihren Höhepunkt, als Hamdos Paranoia und Verzweiflung ihn dazu treiben, einen Großangriff auf Zari-Bars zu starten, um Lala-Ru zurückzuerobern. Im darauffolgenden Chaos finden Charaktere wie der zerrissene Kindersoldat Nabuca tragische Enden. Letztendlich nutzt Lala-Ru die volle Kraft ihres Amuletts und entfesselt eine katastrophale Flut, die Hellywood zerstört und Wasser in die öde Welt zurückbringt. Hamdo findet sein Ende, indem er während eines vollständigen Nervenzusammenbruchs in der Flut ertrinkt. In der Folge lässt Abelia, Hamdos ergebener aber erschöpfter Kommandant, endlich seine Sache fallen und hilft dabei, Shu in seine eigene Welt zurückzuschicken. Shu kehrt in dem genauen Moment nach Hause zurück, in dem er gegangen war, für immer verändert durch den Krieg, den er miterlebte, und die Freunde, die er verlor.