Ein friedlicher Morgen im Tarikihongan-Tempel wird jäh zerstört, als eine katastrophale Welle von Fehlern Yggdrasil infiziert, das göttliche Computersystem, das den gesamten Himmel und die Erde aufrechterhält. Die Krise wird ausgelöst durch den plötzlichen Tod von Keiichi Morisato bei einem ungewöhnlichen Motorradunfall, ein Ereignis, das offenbart, dass er aufgrund seiner langen Nähe zu den Göttinnen zu einer kritischen Singularität innerhalb Yggdrasils geworden ist. Während der Himmel evakuiert wird und Götter und Göttinnen in einer Kettenreaktion, die zum Ragnarök führt, zu verblassen beginnen, setzen die drei Göttinnenschwestern Belldandy, Urd und Skuld ein verzweifeltes und längst vergessenes Protokoll in Gang: einen Systemwiederherstellungspunkt für Yggdrasil, der das gesamte Universum auf den Zeitpunkt kurz vor Keiichis erstem Wunsch zurücksetzt.

Die Wiederherstellung scheint erfolgreich, doch nur die drei Göttinnen behalten ihre Erinnerungen an den ursprünglichen Zeitverlauf. Nun, in einer neu gestarteten Welt, in der sich die Geschichte wiederholt, müssen sie einen Weg finden, die Umstände zu verhindern, die zur vorherigen Katastrophe führten. Belldandy, geplagt von dem Wissen, dass ihre enge Beziehung zu Keiichi zum Zusammenbruch des Universums beitrug, trifft die schmerzhafte Entscheidung, Abstand zu ihm zu halten und sogar die Einschreibung am Nekomi Institute of Technology zu vermeiden, wo sie sich erstmals trafen. Urd arbeitet vom Himmel aus, um die verbleibenden Anomalien zu analysieren, während Skuld ihr technisches Fachwissen nutzt, um nach Bedrohungen zu suchen.

Trotz ihrer Bemühungen tauchen beunruhigende Anzeichen auf, dass das Universum versucht, sich selbst in Richtung der untergegangenen Zeitlinie zu korrigieren. Ein uralter heiliger Baum, mit dem Belldandy spricht, stirbt und weist ihre göttliche Magie zurück. Ein bösartiger Geist erscheint auf dem Campus der Nekomi Tech und greift gezielt Keiichi an, was dämonische Ursprünge offenbart. Als Keiichi in einem Schneesturm gefangen ist, während er versucht, mit einem Verlobungsring, den er für Belldandy gekauft hat, nach Hause zurückzukehren, wird den Göttinnen klar, dass das Schicksal auf eine weitere Katastrophe zusteuert.

Die Situation wird noch komplexer, als Hild, die Herrscherin der Unterwelt, eintrifft, um die wahre Natur der Krise zu erklären. Die ursprüngliche Systemwiederherstellung war nur zur Hälfte abgeschlossen; sie setzte Yggdrasil zurück, versagte jedoch bei der Zurücksetzung seines Gegenstücks Nidhogg, des höllischen Systems. Diese unvollständige Wiederherstellung hat zwei divergierende Versionen der Realität geschaffen, und das Universum kann diesen Widerspruch nicht aufrechterhalten. Hild enthüllt eine alternative Dimension, in der Belldandy nie existierte und Keiichi ein anderes Leben mit einer anderen Frau führt, und zeigt damit, was auf dem Spiel steht.

Im letzten Akt verbünden sich die Göttinnen mit Hild, um einen vollständigen dualen Reset sowohl von Yggdrasil als auch von Nidhogg durchzuführen und die beiden abweichenden Zeitlinien vollständig in Einklang zu bringen. Diesmal gelingt der Reset vollständig, und während die Geschichte erneut von vorne beginnt, übersteht ein kleines physisches Zeichen der Verbindung zwischen Keiichi und Belldandy – ein von Skuld geschmiedeter Ring – den Reset und bietet Hoffnung, dass ihre Verbindung bestehen bleibt, egal wie oft das Universum neu startet.