Im Jahr UC0079, während der Einjährige Krieg zwischen der Erdföderation und dem Fürstentum Zeon weiter tobt und bereits die Hälfte der Menschheit ausgelöscht hat, bilden die Zeon-Streitkräfte eine neue Spezialeinheit, um die Pattsituation zu durchbrechen. Diese Einheit, das Lepus-Team, wird von einem überraschenden Mobile Suit angeführt: einem linkshändigen Zaku. Der Pilot dieser ungewöhnlichen Maschine ist Yuri Kober, ein Mann mit einer schockierenden Vergangenheit. Vor dem Krieg war Yuri ein gefeierter Fußballspieler, der sein Team zum Sieg im internationalen Galaxy Cup führte. Sein Leben wurde jedoch zerstört, als ein ziviles Shuttle, das alle seine Teamkameraden an Bord hatte, von den Erdstreitkräften abgeschossen wurde. Als Propaganda- und Trostmaßnahme wurde Yuri in die Zeon-Armee eingezogen, obwohl er öffentlich als freiwilliger Rekrut dargestellt wird.

Die Handlung folgt der Lepus-Einheit und ihrem geheimnisvollen Assen. Der linkshändige Zaku ist nicht nur eine kosmetische Kuriosität, sondern ein zentraler Bestandteil des Kampfstils des Kapitäns. Die Geschichte beleuchtet die harten Realitäten des Einjährigen Krieges aus einer neuen Perspektive und konzentriert sich auf die Motivationen und Traumata, die Einzelne zum Kämpfen treiben. Der Protagonist Yuri Kober ist ein widerwilliger Soldat, dessen vergangener Ruhm und immenser persönlicher Verlust seine Handlungen im Cockpit antreiben. Eine Schlüsselfigur auf seinem Weg ist ein Pilot namens Simon, der mit Schuldgefühlen kämpft, weil er glaubt, seinen Erzfeind Yuri getötet zu haben, nur um später zu erfahren, dass dieser noch lebt. Diese Enthüllung treibt Simon dazu, seine eigene Pflicht als Gundam-Pilot zu verstehen.

Als die finale Schlacht naht, verlagert sich der Konflikt in die Mondstadt Granada. Yuri, der seinen linkshändigen Zaku verloren hat, erhält von dem Zeon-Offizier Ma Kube einen neuen Mobile Suit anvertraut, der all seine Hoffnungen in diese neue Waffe setzt. Die Geschichte gipfelt in einem Aufeinandertreffen, bei dem sowohl Yuri als auch Simon, getragen von ihren jeweiligen Überzeugungen, die Bedeutung des Schlachtfelds hinterfragen. Der Manga schließt mit seinem sechsten Band und beendet diese epische und emotionale Einjährige Kriegs-Erzählung.