Eine kleine, abgeschiedene Küstenstadt beherbergt eine düstere jährliche Tradition namens Shinjū, ein Ritual, bei dem die Gemeinschaft ein Liebespaar dem tosenden Meer opfert, um eine reiche Ernte zu sichern. Der Protagonist Kaito, ein ruhiger und aufmerksamer Oberschüler, hat sein Leben lang als Außenseiter am Rand der Menge dieser Zeremonie zugesehen. Seine Welt prallt mit dem Ritual zusammen, als Shiori, die für die rituellen Handlungen ausgewählte Schreinmädchen, unerwartet in die Rolle der Opfergabe gezwungen wird. Anders als die stille Akzeptanz der Tradition weigert sich Shiori, still zu sterben.

Ihre Flucht ins Landesinnere setzt den zentralen Konflikt in Gang. Die Stadtbewohner, angeführt von Shioris Vater, dem Dorfvorsteher, und einer mysteriösen Wächter-Sekte, verfolgen sie, um den heiligen Pakt der Stadt aufrechtzuerhalten. Die Erzählung untersucht, ob ihre aufkeimende Verbindung eine echte Bindung oder lediglich ein Nebenprodukt des Überlebensinstinkts angesichts einer gemeinsamen Bedrohung ist. Während sie von der ländlichen Küste in die Anonymität der Stadt fliehen, werden die übernatürlichen Elemente des Shinjū unbestreitbar. Shiori entdeckt, dass sie physisch an die Gottheit des Meeres gebunden ist und körperliche Schmerzen verspürt, je weiter sie sich von der Küste entfernt, während Kaito beginnt, die ruhelosen Geister früher geopferter Paare zu sehen, die kryptische Warnungen aussprechen.

Bemerkenswerte Handlungsbögen umfassen Die Bindung, bei der sich das Paar in einem verlassenen Schrein versteckt und Kaito die wahre Geschichte des Ursprungs des Rituals während einer feudalen Hungersnot erfährt. Der Stadt-Bogen folgt ihrem Versuch, das Geheimnis der Stadt den Medien zu enthüllen, nur um festzustellen, dass die Wächter-Sekte längst städtische Institutionen infiltriert hat und die Stadt in eine andere Art von Käfig verwandelt hat. Schließlich zwingt der Rückkehr-Bogen Kaito und Shiori, sich der Gottheit selbst am Meeresgrund zu stellen, wo sie einen neuen Vertrag aushandeln müssen, um den Opferzyklus zu beenden – eine Reise, die prüft, ob ihre Liebe stark genug ist, um einen göttlichen Fluch zu brechen.