Shuto Katsuragi, ein fünfzehnjähriger Junge mit einem brennenden Wunsch, ein Superheld zu werden, steht vor einem scheinbar unüberwindbaren Problem: seiner geringen Körpergröße. In einer Welt, in der übermenschliche Fähigkeiten verliehen werden können und kommerzielle Helden mit Unternehmenssponsoring die öffentliche Aufmerksamkeit dominieren, lizenziert die Heldenvereinigung diese kostümierten Champions und verwandelt die Verbrechensbekämpfung in eine Mischung aus Spektakel und Marketing. Shuto, ein energiegeladener Otaku der Heldenkultur, wird häufig wegen seiner Größe und seiner Träume verspottet, besonders wenn er versucht, seinem Idol, dem legendären Helden Shiningman, nachzueifern.

Die Geschichte nimmt eine scharfe Wendung, als Shuto von der rätselhaften bösen Organisation Jackal entführt wird, nachdem eine scheinbar inszenierte Begegnung stattgefunden hat, bei der ein Held seine Klassenkameradin, die ruhige und schöne Mirea Mizushima, zu retten scheint. Durch einen Trick dazu gebracht, einen Vertrag zu unterschreiben und eine Transformationsuhr anzulegen, stellt Shuto entsetzt fest, dass die gesamte Rettungsaktion eine Falle war und er zur neuen superkräftigen Spielfigur von Jackal geworden ist: Ratman, ein dunkler und großer Antiheld. Die Organisation, angeführt von Mireas älterer Schwester Crea, zwingt ihn, für sie in ihrem schattenhaften Auftrag zu arbeiten, die Heldenvereinigung zu stürzen, die sie für ein verborgenes Verbrechen an ihrer Familie verantwortlich machen. Obwohl er als Bösewicht gebrandmarkt ist, beschließt Shuto, seine neue Identität zu nutzen, um seinen Idealen des Heldentums treu zu bleiben, was ihn auf Kollisionskurs mit dem System bringt, das er einst bewunderte.

Der zentrale Konflikt entsteht, während Shuto sein Doppelleben führt. In der Schule ist er ein kleiner, ehrgeiziger Held, doch nachts ist er der furchterregende Ratman, gezwungen, Jackals Pläne auszuführen. Dies bringt ihn in direkten Konflikt mit Rio Kizaki, der Tochter des Präsidenten der Heldenvereinigung und einer registrierten Heldin, die auch seine ältere Mitschülerin ist. Shutos Reise zwingt ihn, die verschwommene Grenze zwischen Gut und Böse zu konfrontieren, da er entdeckt, dass viele lizenzierte Helden egoistisch und auf Popularität aus sind, während die „Bösewichte“ von Jackal ihre eigenen komplexen, sympathischen Motive haben.

Ein wichtiger Handlungsbogen beinhaltet Shutos inneren Kampf mit seinen eigenen Kräften und seiner Identität. Er erschließt sein inneres Potenzial, indem er Shiningmans legendäre „Shining Ray“-Technik nachahmt und beweist, dass wahres Heldentum nicht von einer Lizenz abhängt, sondern vom Willen, andere zu beschützen. Unterstützt wird er von den stummen und komisch unfähigen Jacky Combatants, deren scheinbar nutzlose Natur sowohl Humor als auch unerwartete Loyalität bietet. Im Verlauf der Geschichte muss Shuto eine korrupte Verschwörung innerhalb der Heldenvereinigung stoppen, diejenigen retten, die ihm am Herzen liegen, und letztendlich entscheiden, welche Art von Held – oder Bösewicht – er wirklich sein will, während er gleichzeitig versucht, einen Jahresvorrat an kostenloser Pizza von einem beleibten lokalen Helden namens Fatman zu ergattern.