Der Manga Captain Zenigata dreht sich um Koichi Zenigata, den unermüdlichen Interpol-Inspektor, dessen gesamte Existenz von der Jagd auf den Meisterdieb Lupin III definiert wird. Während Zenigata ein weltweit respektierter Beamter mit scharfem Verstand und einem starken Gerechtigkeitssinn ist, hat seine Besessenheit, Lupin zu fassen, sein Leben vereinnahmt und ihn zu einem einsamen, oft unordentlichen Mann gemacht, der kaum etwas außer seiner Mission hat. Anders als die humorvollere und sanftere Darstellung im Anime zeigt dieses Spin-off des ursprünglichen Lupin-III-Mangas Zenigata mit einer beißenden, boshaften und äußerst wettbewerbsorientierten Veranlagung, wobei sein Hass auf Lupin so tief ist, dass er einmal reflektierte, er könne nicht in einer Welt leben, ohne jemanden zu verachten. Die Schauplätze wechseln weltweit, während Zenigata Lupins Spuren folgt, von den belebten Straßen Tokios zu verschiedenen internationalen Orten, stets einen Schritt hinterher, aber weigernd aufzugeben.

Die Erzählung erkundet die düster komplizierte Beziehung zwischen Zenigata und Lupin. Obwohl sie Erzrivalen sind, existiert ein verdrehter gegenseitiger Respekt; Zenigata ist oft heimlich von Lupins Genie beeindruckt, und Lupin rettet gelegentlich Zenigatas Leben, in dem Glauben, die Jagd wäre nicht dieselbe ohne ihn. Diese Besessenheit treibt mehrere bemerkenswerte Handlungsbögen an. In einer auffälligen Geschichte friert sich Zenigata sogar kryogen ein, um seine Verfolgung in die Zukunft fortzusetzen, obwohl eine Fehlfunktion ihn und Lupin in der Gegenwart gefangen hält. Der Manga enthüllt auch Details von Zenigatas persönlicher Geschichte, einschließlich einer angespannten Beziehung zu einer Tochter namens Toshiko und einem Enkel, der Student an der Todai-Universität ist und einst heftig Lupins Präsenz auf dem Campus ablehnte. Die Geschichte endet mit einer schockierenden und endgültigen Note, die sich scharf vom ewigen Patt des Animes abhebt, als Zenigata schließlich sein Ziel erreicht, indem er eine Insel mit Lupin und seiner Bande darauf sprengt und den Dieb tötet, den er sein Leben lang gejagt hat.