Im Jahr 2099 wird die Menschheit plötzlich von den Seireness angegriffen, einer mysteriösen Riese von Lebensformen, die aus den Tiefen des Weltraums auftauchen. Der Angriff fordert über eine Milliarde Todesopfer, bevor die Außerirdischen unerklärlicherweise verstummen. Fünf Jahre später wird ein junger Junge namens Yu Yamato, der bei dem ersten Angriff seine Mutter Maya verloren hat, zwölf Jahre alt und strebt danach, der Frontbasis auf dem Jupiter beizutreten. Er meldet sich als Kadett für Topness an, die Erdverteidigungsflotte, die zur Bekämpfung der Seireness aufgestellt wurde. Während er darum kämpft, seinen Starttest zu bestehen und sich zu beweisen, beenden die Seireness ihre fünf Jahre des Schweigens und starten eine neue Offensive, womit sie die Menschheit erneut mit ihrer schönen doch grotesken Erscheinung in Schrecken versetzen.

Die Geschichte existiert als separate und eigenständige Kontinuität zum ursprünglichen Space Battleship Yamato und spielt in einer eigenen originalen Welt mit minimalen Überschneidungen zur klassischen Erzählung. Der Protagonist Yu Yamato ist ein Grundschuljunge, der vom Verlust seiner Mutter angetrieben wird. Die feindlichen Seireness werden als unbekannte und furchterregende Naturgewalt dargestellt, nicht als konventioneller militärischer Gegner. Die Topness-Flotte und ihre Mech-Designs wurden von Junichiro Tamamori geschaffen, einem mit dem Franchise vertrauten Designer.

Die Handlung folgt Yu, während er die strengen Herausforderungen der Kadettenausbildung meistert, das Trauma seiner Vergangenheit bewältigt und an der verzweifelten Verteidigung der Menschheit gegen die Seireness teilnimmt. Die Serie wurde von Ryuko Azuma geschrieben und illustriert und umfasste insgesamt achtundzwanzig Kapitel, die im August 2022 abgeschlossen wurden. Die gesammelten Kapitel wurden in fünf Taschenbuchbände zusammengefasst, wobei die ersten beiden im April 2021, der dritte im Oktober 2021 und die letzten beiden im November 2022 veröffentlicht wurden.