In einem nahegelegenen Zukunfts-Japan ist das Konzept der Menschenrechte zu einer Ware reduziert worden. Bürger, die es sich leisten können, ihre Rechtekarten zu behalten, leben innerhalb des Schutzes und des Gesetzes, doch jene, die aus irgendeinem Grund ihre Rechte verlieren, werden als Mujina bekannt. Ohne rechtliche Identität oder Schutz existieren diese Menschen in einem gesellschaftlichen Vakuum, unfähig, Wohnraum oder Beschäftigung über offizielle Kanäle zu sichern. Allerdings können dieselben Gesetze, die sie nicht schützen, sie auch nicht bestrafen, was den Status eines Mujina zu einer brutalen Form der Freiheit macht. Für diejenigen mit den nötigen Fähigkeiten kann diese Freiheit zur Waffe werden, und Mujina finden häufig Arbeit als Elite-Attentäter für Kunden, die nicht nachweisbare Killer benötigen.

Die Geschichte konzentriert sich auf drei Personen, deren Leben unerwartet kollidieren. Terumi Morgan ist ein desillusionierter Spieleentwickler, der ein Leben stiller Verzweiflung akzeptiert hat und sich nur darum kümmert, seine Arbeitsfristen einzuhalten und mit seinen Erwachsenenvideos in Ruhe gelassen zu werden. Nachdem eine Krankheitsphase ihn zwingt, einen Krankheitstag zu nehmen, wird seine banale Existenz erschüttert, als er auf einen weggelaufenen Teenager namens Juno Oshima und eine dreißigjährige Mujina-Attentäterin namens Ubume trifft. Juno floh aus ihrer Heimatstadt, nachdem sie brutalen Missbrauch und Vernachlässigung durch Mobber, ihre Schule und sogar ihre eigenen Eltern erlitten hatte, in der Hoffnung, genug Geld zu verdienen, um einen Mujina anzuheuern, um Rache an allen zu nehmen, die ihr Unrecht taten. Stattdessen findet sie sich beraubt ihrer Besitztümer und fast vergewaltigt von einem berühmten Rockstar, bevor Ubume eingreift.

Ubume ist eine erfahrene Killerin an einem Scheideweg ihrer Karriere. Hochqualifiziert im Umgang mit einem elektrifizierten Katana und speziellen Stiefeln namens Nakamatsu, die übermenschliche Dachakrobatik ermöglichen, nimmt sie Attentatsaufträge an, um zu überleben, während sie heimlich nach einem mysteriösen Mann in einem Tanuki-Kostüm sucht, einer Figur aus ihrer Vergangenheit, deren Bedeutung sich langsam durch fragmentierte Rückblenden offenbart. Ihr Ruf gerät durch Tenko in Gefahr, einen jüngeren, bösartigeren Mujina, der Töten als eine Form sexueller Erregung behandelt und eine gefährliche Besessenheit mit Ubume entwickelt. Ihr gewaltsamer Zusammenstoß lässt Ubume verwundet zurück und zwingt das unwahrscheinliche Trio aus Attentäterin, Ausreißerin und Büroangestelltem, gemeinsam in Terumis Wohnung Zuflucht zu suchen, wo sie eine seltsame Ersatzfamilie bilden, die durch Umstände und nicht durch Wahl verbunden ist.

Die Erzählung entfaltet sich über mehrere bemerkenswerte Handlungsbögen. Der anfängliche Kollisionsbogen etabliert die brutale Welt und bringt die drei Hauptcharaktere nach Tenkos Angriff zusammen. Nachfolgende Bögen folgen Ubume, während sie verschiedene Attentatsaufträge annimmt, wobei jeder Job mehr über die Korruption enthüllt, die diese Zukunftsgesellschaft durchdringt, in der Bürger über fünfundachtzig ihrer Rechte beraubt und in Segregationszonen namens Senior-Zonen zum Sterben geschickt werden und in der Unternehmen und wohlhabende Einzelpersonen Mujina-Arbeitskräfte frei für ihre dunkelsten Bedürfnisse ausbeuten. Ein bedeutender Bogen konzentriert sich auf Junos Hintergrundgeschichte, erforscht die Versagen der Kinderschutzsysteme und den Kreislauf des Missbrauchs, der Teenager auf die Straße treibt, während er auch ihre wachsende Entschlossenheit und ihre komplexe Beziehung zu Ubume verfolgt, die sie sowohl fürchtet als auch bewundert. Eine weitere wichtige Handlungslinie stellt Mai vor, eine neue Mujina, die vor ihren Anschlägen ein starkes Stimulans namens Clean Boosters injiziert und eine jüngere Generation von noch rücksichtsloseren und verzweifelteren Kämpfern repräsentiert. Ubumes fortlaufende Suche nach der Figur im Tanuki-Kostüm aus ihrer Vergangenheit dient als roter Faden, der auf Konfrontationen zusteuert, die versprechen, die ganze Wahrheit darüber zu enthüllen, wie sie zu einer Mujina wurde und was sie verloren hat. Der Manga ist in Staffeln strukturiert, wobei die erste Staffel endet, als die Charaktere den eskalierenden Konsequenzen ihrer Handlungen in einer Gesellschaft gegenüberstehen, die einige Leben als schützenswert und andere als wertlos erklärt hat.