Der siebzehnjährige Itsuki Suminoe hat stets Abstand zu Menschen gehalten, überzeugt davon, dass Liebe bedeutet, sich auf den Verlust vorzubereiten. Sein ruhiges, geordnetes Leben in der Vorstadtstadt Kamihoshi ändert sich für immer an einem regnerischen Abend, als er eine verletzte junge Frau hinter dem Familienschrein entdeckt. Sie hat federleichte weiße Flügel, einen schwachen Heiligenschein, der wie eine sterbende Glühbirne flackert, und keine Erinnerung daran, wie sie auf die Erde gefallen ist. Ihr Name ist Rael, und sie ist ein Schutzengel, der aus dem himmlischen Reich verstoßen wurde, weil sie das schwerwiegendste göttliche Gesetz brach: Sie verliebte sich in einen Menschen, dessen Gebete sie überwachen sollte. Zur Strafe wurden ihre Flügel teilweise gestutzt und ihre Gnade versiegelt, was sie sterblich und gestrandet zurückließ.

Itsuki nimmt sie widerwillig auf, versteckt ihre Flügel unter übergroßen Hoodies und behauptet, sie sei eine entfernte Cousine. Die Handlung spielt im zeitgenössischen Kamihoshi, einer Stadt, die um einen alten Schrein herum gebaut ist, der auf einer kleinen Ley-Linie liegt – einem Schwachpunkt zwischen der menschlichen Welt und den höheren Sphären. Dieser Ort zieht umherwandernde Geister, kleinere Dämonen und gelegentlich himmlische Agenten an. Rael gewöhnt sich mit unbeholfener Verwunderung an das menschliche Leben: Sie weint bei Mikrowellensignalen, versucht, an Automaten zu beten, und schläft zusammengerollt auf dem Altar des Schreins, weil es sich vertraut anfühlt. Itsuki, der nebenbei als Schreinpfleger arbeitet, erwärmt sich langsam für ihre aufrichtige Güte, und die beiden entwickeln eine vorsichtige, unausgesprochene Bindung.

Drei bemerkenswerte Handlungsstränge treiben die Geschichte voran. Der Urteilsbogen beginnt, als ein niederer Engel namens Sariel eintrifft, um Rael abzuholen. Sariel ist nicht grausam, aber starr und glaubt, dass Engel, die Menschen lieben, das kosmische Gleichgewicht gefährden. Sie gibt Rael einen Monat Zeit, um zu beweisen, dass ihre Liebe zu dem Menschen, den sie betreute – ein Junge namens Yuuto, der vor drei Jahren starb – keine selbstsüchtige Handlung war. Rael muss Yuutos reinkarnierte Seele finden, die über drei lebende Personen in Kamihoshi verstreut ist, und jedem von ihnen helfen, ohne ihre Identität preiszugeben. Scheitert sie, wird ihr Gedächtnis gelöscht und sie wird zu einem willenlosen Führungsgeist umerzogen. Itsuki, der seine eigenen Gefühle für Rael erkennt, beschließt, ihr zu helfen, auch wenn das bedeutet, seiner Angst vor Verlust zu begegnen.

Der zweite Bogen, Das zerbrochene Gefäß, konzentriert sich auf die drei Seelenfragmente. Ein Fragment lebt in einer einsamen alten Frau, die eine heruntergekommene Bäckerei führt; ein weiteres in einem gemobbten Mittelschüler, der Sternbilder auf seinen Arm zeichnet; das dritte in einer zynischen Krankenschwester in der örtlichen Klinik, die an Wunder nicht mehr glaubt. Jedes Fragment erinnert sich anders an Yuutos Wesen – Mitgefühl, Hoffnung und Opferbereitschaft. Rael muss jeder Person helfen, eine tiefe emotionale Wunde zu heilen, ohne direkt zu verraten, wer sie ist. Während dieses Bogens entdeckt Itsuki, dass seine eigene Mutter starb, als sie ihn im Alter von sieben Jahren vor einem Autounfall rettete, und seine verdrängte Schuld zieht einen kleinen Dämon namens Dunkelfresser an. Rael schützt ihn mit ihrer verbliebenen Gnade, schwächt sich dadurch weiter und verursacht, dass ihr Heiligenschein Risse bekommt.

Der dritte Bogen, Der Fall und der Flug, sieht Sariel vorzeitig zurückkehren, nachdem sie beobachtet hat, dass Rael sich nun in Itsuki verliebt hat – nicht nur in die Erinnerung an Yuuto. Dies ist eine zweite, größere Übertretung. Das himmlische Gericht ordnet sofortige Umerziehung für Rael an. Itsuki schließt verzweifelt einen unbedachten Vertrag mit einem lokalen Schrein-Geist: Er bietet alle seine verbleibenden Lebensjahre im Austausch für einen Tag von Raels voller Engelsmacht. Am Tag ihrer geplanten Abholung bricht Itsuki unter der Last des Vertrags zusammen. Rael, die sein Opfer nicht akzeptieren will, zerschmettert ihren eigenen Heiligenschein vollständig und verwandelt ihn in den Ring eines Sterblichen. Sie verzichtet auf ihre engelhafte Natur und wählt ein einziges menschliches Leben mit Itsuki anstatt einer Ewigkeit ohne ihn. Sariel, bewegt von diesem letzten Akt selbstloser Liebe, meldet, dass Raels Gnade sich von selbst aufgelöst habe, was es ihr effektiv ermöglicht, als Mensch auf der Erde zu bleiben. Die Geschichte endet damit, dass Itsuki sich im Garten des Schreins erholt, Raels Flügel nun verschwunden sind und ihr Heiligenschein ein einfaches silbernes Band an ihrem Finger ist. Sie teilen einen ruhigen Morgen, unsicher über die Zukunft, aber nicht länger ängstlich, zu hoffen.