Im Jahr A.S. 106, fünf Jahre nach dem Vanadis-Zwischenfall, der zur Ächtung aller Gundams führte, durchstreifen diese verfluchten Mobile Suits nun die Erdoberfläche. Die Geschichte folgt Vilda Mirren, einer Forscherin, die einst GUND-Medizintechnik am Vanadis-Institut studierte, und ihrem jungen Assistenten Kiyu Lavot. Gemeinsam reisen sie auf einem massiven Transporteranhänger, der den Gundam Lfrith Jiu transportiert, über die Erde. Dieser Mobile Suit ist mit einer riesigen Armeinheit namens Tiger Hand ausgestattet, die auch als rucksackmontierter Booster fungieren kann. Ihre Mission ist es, den Fluch zu beenden, der durch die Ideale der GUND-Technologie geschaffen wurde.

Kiyu Lavot dient als Pilot des Gundam Lfrith Jiu. In seiner Brust befindet sich ein Licht, das als unreife Blüte beschrieben wird, und seine Reise mit Vilda repräsentiert eine Geschichte, in der ein Fluch das Herz stimuliert. Der Junge hat eine vergangene Verbindung zum Rocking Horse Waisenhaus, einer Einrichtung, in der Kinder nach dem Erhalt von GUND-Kunstherzen, die von einem Forscher namens Shijima Joma implantiert wurden, als Gundam-Piloten ausgebildet wurden. Diese Kunstherzen bieten Resistenz gegen die tödlichen Datenstürme, die normalerweise Gundam-Piloten plagen, da das Permet im künstlichen Organ als Hilfsspeicher dient, der Feedback-Informationen enthält. Shijima Joma, der jetzt unter dem Alias Craig Ion als Bezirkspolitiker mit Verbindungen zur Ral Craig Group operiert, überlebte den Vanadis-Zwischenfall durch die Flucht in einem seriengefertigten Testmodell Lfrith und sucht weiterhin die Weiterentwicklung der GUND-Technologie durch seine Experimente an Kindern.

Kiyu hat einen Rivalen in Yoshika High Gear, einem weiteren Kind aus dem Rocking Horse Waisenhaus, das den Gundam Lfrith Anocta pilotiert. Yoshika hegt einen Minderwertigkeitskomplex gegenüber Kiyu, der in ihrer Ausbildung immer den ersten Platz belegte, während Yoshika Zweiter wurde. Auf Befehl von Bas Issa, der Frau, die das Waisenhaus leitete und die Kinder als Piloten ausbildete, wird Yoshika entsandt, um Vilda zu eliminieren, als diese Shijimas Bitte um Zusammenarbeit mit seinen Plänen ablehnt. In einer Konfrontation zwischen den beiden Gundams schießt Kiyu Yoshika ab, der anschließend einen Herzstillstand erleidet und lebenserhaltende Maßnahmen benötigt.

Die Erzählung entfaltet sich auf der Erde in der Zeitspanne zwischen den Ereignissen von Mobile Suit Gundam: The Witch from Mercury PROLOGUE und der Hauptfernsehserie. Der Manga erforscht die Nachwirkungen der Zerstörung des Vanadis-Instituts und die anhaltende Verfolgung derjenigen, die mit GUND-Technologie in Verbindung stehen und als Hexen gebrandmarkt wurden. Die Serie integriert Elemente des größeren Konflikts zwischen Spacians und Earthians, der die Ad-Stella-Zeitlinie definiert, während sie sich auf die persönliche Reise zweier Individuen konzentriert, die eine als verflucht gebrandmarkte Technologie von ihren dunkleren militärischen Anwendungen zurückerobern wollen.