In der frühen Meiji-Ära lebt Himura Kenshin, der ehemalige Attentäter Hitokiri Battosai, der nun ein rückenschneidiges Sakabato führt, im Kamiya Kasshin-ryu Dojo in Tokio. Sein friedliches Leben, in dem er unter Ausbilderin Kaoru zusammen mit dem jungen Yahiko trainiert, wird gestört, als Tae, eine Kellnerin aus dem Akabeko-Restaurant, mit einer Bitte um Hilfe eintrifft.

Ein Stammgast namens Okuma Daigoro hat ein wertvolles Buch seines Meisters Katsu Kaishu verloren, einer bedeutenden Figur aus der vorherigen Shogunats-Ära, die nun in der neuen Regierung dient. Das gestohlene Objekt ist eine übersetzte Kopie von Jules Vernes Von der Erde zum Mond, ein Titel, der auf Themen wie Wissenschaft und ferne Reisen hindeutet. Während die Suche nach dem vermissten Buch als einfacher Gefallen beginnt, erkennt Kenshin schnell, dass die wahren Einsätze weitaus größer sind. Das Tuch, das das Buch umhüllt, enthält eine geheime Botschaft, und sein Diebstahl droht, Kaishu dem Vorwurf auszusetzen, Kriegsgelder des Tokugawa-Regimes versteckt zu haben.

Die Untersuchung zieht Kenshin und seine Freunde in eine dunkle Verschwörung hinein, die die Beni Aoi betrifft, eine Fraktion ehemaliger Shogunats-Wachen, die die Meiji-Regierung stürzen wollen. Die Situation eskaliert dramatisch, als Kaishus Tochter Itsuko entführt wird und ihre sichere Rückgabe im Austausch gegen das versteckte Tokugawa-Gold gefordert wird. Dieser Konflikt bereitet die Bühne dafür, dass Kenshin den Beni Aoi direkt gegenübersteht und seine Schwertkunst einsetzt, um Itsuko zu schützen und die mit dem Verne-Roman verbundene Verschwörung aufzudecken.

Der Light Novel präsentiert zwei verschiedene Erzählbögen. Neben dem Hauptmysterium gibt es eine zweite Geschichte, die sich auf Sagara Sanosuke, Kenshins rauflustigen Begleiter, konzentriert. Während er einen Auftrag erledigt, um ein Nishiki-e-Holzschnittdruck zu kaufen, ist Sanosuke verblüfft, eine Darstellung seines ehemaligen Kommandanten, Hauptmann Sagara Sozo von der Sekiho-Armee, zu entdecken. Dies führt ihn zum Künstler Tsukioka Katsuhiro, einem ehemaligen Kameraden. Ihr Wiedersehen wird getrübt, als Sanosuke erfährt, dass Katsuhiro ein Jahrzehnt damit verbracht hat, einen gewaltsamen Racheakt gegen die Meiji-Regierung für ihren Verrat und die Hinrichtung ihres Hauptmanns zu planen, ein Weg, der Sanosuke schließlich zwingt, seinen eigenen Loyalitäten und der Natur der Gerechtigkeit in der neuen Ära gegenüberzutreten.