In einer anderen Welt existiert eine Rasse von Wesen namens Monobails, die sich nicht von gewöhnlicher Nahrung ernähren, sondern durch das Verbrennen von Elementarsteinen in Reaktoren an ihren Körpern. Jeder Monobail ist an ein bestimmtes chemisches Element aus dem Periodensystem gebunden; je schwerer und seltener das Element, desto mächtiger der Monobail. Sie wurden einst von den Albatross-Prinzessinnen regiert, die die Macht eines einzigen, allmächtigen heiligen Kristalls besaßen. Dieser Kristall ist nun zerbrochen, seine fünf Isotope oder heiligen Steine sind über die Welt verstreut, und die Prinzessin hat ihre Autorität verloren.

Die Geschichte beginnt auf der Erde, als ein Mittelschüler namens Yuuki Shinohara ein seltsames, unbeliebtes Mädchen vor Tyrannen verteidigt. Von ihren Klassenkameraden als Müllmädchen bekannt, wegen ihrer schmutzigen Uniform und ihrer Angewohnheit, Müll zu durchwühlen, ist das Mädchen in Wirklichkeit die gefallene Albatross-Prinzessin, die in menschlicher Gestalt den Namen Sakura Asakura trägt. Nachdem er sie gerettet hat, pflanzt sich eines der verstreuten heiligen Kristallfragmente versehentlich in Yuukis Hand ein und verleiht ihm die Macht, Feuer zu kontrollieren und seine Kampfwunden zu heilen. Diese Kraft zieht ihre Energie jedoch aus Sakuras eigener schwindender Stärke.

Yuuki, der Erbe eines Kampfkunst-Dojos, der seit seiner Kindheit von seiner Mutter einem harten körperlichen Training unterzogen wurde, beschließt, seine neu gewonnenen Fähigkeiten einzusetzen, um die schwache Prinzessin zu beschützen, die zu schwach ist, um selbst zu kämpfen. Sakura sträubt sich zunächst dagegen, einen Menschen in die Konflikte der Monobails zu verwickeln, die weit stärker sind als jeder Mensch, aber letztendlich nimmt sie seine Hilfe an. In ihrer wahren Gestalt verwandelt sich Sakura in einen geflügelten Humanoiden mit weißem Haar, doch selbst dann bleibt sie ohne die Kraft der heiligen Kristalle außergewöhnlich schwach.

Gemeinsam beginnen sie, nach den vier verbleibenden Kristallfragmenten zu suchen, wobei sie verschiedenen Monobails begegnen, die ebenfalls auf die Erde gekommen sind. Zu ihren Gegnern gehören Kagu, ein Titan-Monobail, der sich in ihre Schule eingeschlichen hat, indem er einen Lehrer getötet und dessen Identität angenommen hat; Nody, ein Zink-Monobail; und der mächtige Elite-Monobail namens Crane, dessen Element Antimon ist. Weitere bemerkenswerte Charaktere sind der sanfte Riese Lebaio, ein Magnesium-Monobail, und der Kampfsanitäter Goose, ein Brom-Monobail. Im Verlauf der Serie entdeckt Yuuki, dass sein eigener Vater ein menschlich aussehender Monobail war, was ihn zu einem halb-menschlichen Hybriden macht.

Der Manga steuert auf eine klimaktische Konfrontation mit mächtigen Elite-Monobails wie Shrike, einem Strontium-Monobail, zu. Die Handlungsbögen folgen dem Duo, während sie gegen immer stärkere Gegner kämpfen, wobei jeder Kampf mehr über die Macht der zerbrochenen Kristalle und die politischen Unruhen in der Welt der Monobails enthüllt. Die Serie endet schließlich, nachdem nur zwei der fünf heiligen Steine gesammelt wurden, wobei das Schicksal der verbleibenden drei Isotope, einschließlich Wasser und Licht, ungelöst bleibt, wobei sich ein Fragment im Besitz eines Verbündeten befindet und die anderen an unbekannten Orten.