Fast die Hälfte der Bevölkerung von Sakurada, einer ruhigen Stadt in der Nähe des Pazifischen Ozeans, besitzt eine einzigartige übernatürliche Fähigkeit. Diese Kräfte reichen von trivialen, wie dem Betreten des Geistes einer Katze, bis hin zu wirklichkeitsverändernden, wie dem Zurücksetzen der Welt auf einen früheren Zeitpunkt. Um diese Fähigkeiten im Zaum zu halten, überwacht eine rätselhafte Organisation, bekannt als das Verwaltungsbüro, alle Machtausübungen und setzt die strengen Regeln der Stadt durch.

Im Mittelpunkt der Geschichte stehen zwei Oberschüler, Kei Asai und Misora Haruki, die beide Mitglieder des Service-Clubs ihrer Schule sind, einer Gruppe, die Aufträge des Büros ausführt. Kei besitzt ein perfektes Gedächtnis, eine Fähigkeit, die es ihm ermöglicht, sich an jedes Detail aller seiner Erfahrungen zu erinnern. Misora, ein scheinbar emotionsloses Mädchen, hat die viel drastischere Kraft des Zurücksetzens, die die gesamte Welt auf einen von ihr gesetzten „Speicherpunkt“ zurückversetzen kann, bis zu drei Tage in die Vergangenheit. Der Nachteil des Zurücksetzens ist, dass nach der Aktivierung alle, einschließlich Misora selbst, alle Erinnerungen an die gelöschte Zeit verlieren, was die Kraft allein fast nutzlos macht. Der Schlüssel zu ihrer Partnerschaft ist, dass Keis Gedächtnis immun gegen das Zurücksetzen ist; er ist der einzige, der sich an das Geschehene in der gelöschten Zeit erinnern kann. Zusammen bilden sie ein perfektes Team: Misora kann die Zeit zurückspulen, um ein Problem zu beheben, und Kei kann das Wissen über den ursprünglichen Zeitverlauf bewahren, um ihr Handeln zu lenken.

Die Erzählung beginnt mit scheinbar einfachen Aufträgen des Büros, wie der Bitte, eine tote Katze wiederzubeleben, die das Duo durch Zurücksetzen und Keis bewahrtes Wissen löst. Doch ihre Handlungen ziehen sie schnell in einen viel tieferen und komplexeren Konflikt. Kei wird von einer vergangenen Tragödie verfolgt: Vor zwei Jahren starb ihre Freundin Sumire Soma, ein mysteriöses Mädchen mit der Fähigkeit, die Zukunft zu sehen, unter Umständen, die mit einem Zurücksetzen zusammenhängen. Überzeugt, diesen Verlust rückgängig machen zu können, beginnt Kei einen langfristigen Plan, sie wiederzubeleben, ein Ziel, das ihn in direkten Gegensatz zum Verwaltungsbüro und seinem mächtigen Leiter, Masamune Urachi, bringt.

Im Verlauf der Serie durchlaufen Kei und Misora eine Reihe von verwickelten und philosophischen Handlungsbögen. Sie geraten mit anderen mächtigen Fähigkeitsträgern aneinander, wie Yoka Murase, die alles, was sie berührt, auslöschen kann, und stellen sich dem ultimativen Ziel des Büros, alle übernatürlichen Kräfte aus Sakurada zu tilgen. Eine zentrale Figur ist die Hexe, ein uraltes Orakel, das in einer Einzelzelle tief unter der Stadt gefangen ist und dessen Prophezeiungen viele Aktionen des Büros leiten. Keis Intelligenz wird ständig auf die Probe gestellt, während er Dutzende von Fähigkeiten in ausgeklügelten Plänen manipuliert, um das Büro auszutricksen, Sumire wiederzubeleben und letztlich über das Schicksal der Kräfte in Sakurada zu entscheiden. Die Geschichte steuert auf eine Auflösung zu, in der Kei eine endgültige Wahl über die Zukunft der Stadt und ihrer Bewohner treffen muss und sich mit dem Wesen von Erinnerung, Wille und Glück auseinandersetzen muss.