"Sagrada Reset" spielt in der fiktiven Stadt Sakurada, in der einige Bewohner übernatürliche Fähigkeiten besitzen. Diese Fähigkeiten, oft als "Talente" bezeichnet, sind vielfältig und reichen von der Manipulation von Erinnerungen bis hin zur Vorhersage der Zukunft. Die Handlung konzentriert sich auf Kei Asai, einen Schüler mit einem außergewöhnlich guten Gedächtnis, und Misora Haruki, eine Mitschülerin, die die Fähigkeit besitzt, die Zeit um bis zu drei Stunden zurückzusetzen. Allerdings verliert Misora nach jeder Nutzung ihrer Fähigkeit ihre Erinnerungen an den zurückgesetzten Zeitraum, weshalb Kei sie unterstützt, indem er sich an alles erinnert und ihr die nötigen Informationen liefert.

Die beiden arbeiten für das Büro der Verwaltung, eine Organisation, die die Talente in Sakurada überwacht und reguliert. Im Laufe der Serie werden sie mit verschiedenen Fällen konfrontiert, die oft komplexe moralische und philosophische Fragen aufwerfen. Ein zentraler Konflikt entsteht durch die Ankunft von Sumire Souma, einer mysteriösen Figur, die die Fähigkeit besitzt, die Zukunft vorherzusagen. Sumire behauptet, dass ihre Vorhersagen unfehlbar sind, was die Protagonisten vor schwierige Entscheidungen stellt, insbesondere als sie erfahren, dass Sumires Vorhersagen eng mit ihrem eigenen Schicksal verknüpft sind.

Die Beziehung zwischen Kei und Misora entwickelt sich im Laufe der Serie weiter, wobei ihre Zusammenarbeit und gegenseitige Abhängigkeit im Mittelpunkt stehen. Misoras Fähigkeit, die Zeit zurückzusetzen, wird immer wieder auf die Probe gestellt, insbesondere als sie und Kei versuchen, die Zukunft zu ändern und tragische Ereignisse zu verhindern. Dabei werden Themen wie Determinismus, freier Wille und die Natur der Erinnerungen untersucht.

Die Handlung ist durch eine nicht-lineare Erzählstruktur geprägt, die oft zwischen verschiedenen Zeitlinien wechselt und die Zuschauer dazu auffordert, die Zusammenhänge zwischen den Ereignissen selbst zu erschließen. Diese Erzählweise unterstreicht die Komplexität der Handlung und die moralischen Dilemmata, mit denen die Charaktere konfrontiert sind. Die Serie endet mit einer Auflösung der zentralen Konflikte, wobei die Protagonisten ihre eigenen Wege finden, mit den Konsequenzen ihrer Entscheidungen umzugehen.