Mysteriöse fliegende Kreaturen, bekannt als die Zai, erscheinen plötzlich am Himmel und verfügen über hochmoderne Waffensysteme, die jede existierende militärische Technologie der Menschheit bei weitem übertreffen. Als Reaktion auf diese überwältigende Bedrohung entwickelt die Menschheit spezielle Kampfflugzeuge namens Daughters, bei denen es sich um umgerüstete existierende Jets mit reverse-engineerter Zai-Technologie handelt. Diese Daughters benötigen eine einzigartige autonome Schnittstelleneinheit, um richtig zu funktionieren, ein kyborgartiges Wesen, bekannt als Anima, das aus geborgenen Zai-Teilen gezüchtet wird und die Form eines menschlichen Mädchens annimmt.

Die Geschichte dreht sich um Kei Narutani, einen chinesisch-japanischen Teenager, der seine Mutter, eine Kunstflugpilotin, durch einen Zai-Angriff verloren hat. Während er mit seiner Kindheitsfreundin Minghua Song von Shanghai nach Japan evakuiert, wird ihr Schiff von Zai-Kämpfern angegriffen. Ein seltsames Kampfflugzeug erscheint und vertreibt die Angreifer, bevor es ins Meer stürzt. Kei eilt, um dem Piloten zu helfen, und entdeckt ein rosa-haariges Mädchen am Steuer. Dieses Mädchen ist Gripen, eine Anima-Einheit, die einem JAS 39 Gripen Kampfflugzeug zugewiesen ist. Nach der Ankunft in Japan wird Kei von Haruka Yashirodori, der leitenden Wissenschaftlerin, die das System entwickelt hat, in das Anima-Projekt aufgenommen. Yashirodori entdeckt, dass Keis Anwesenheit Gripens unberechenbares Verhalten und emotionale Defekte stabilisiert, die drohen, sie verschrotten zu lassen. Kei willigt ein, Gripens Partner zu werden, und dient als ihr Waffensystemoffizier und emotionaler Anker, während sie gemeinsam in den Himmel aufsteigen.

Die Geschichte spielt hauptsächlich auf der Komatsu Air Base in Japan, wo Kei und die Anima-Einheiten unter der Japan Air Self-Defense Force operieren. Im Verlauf der Serie gesellen sich zu Kei und Gripen weitere Anima-Charaktere. Eagle ist eine blonde, aufgeweckte Anima, die eine F-15J Eagle fliegt und Yashirodori als Vaterfigur verehrt. Phantom, die eine F-4 Phantom II fliegt, ist die erste jemals geschaffene Anima und dient als taktische Aufklärungsspezialistin mit einer herablassenden Haltung gegenüber ihren Gegenstücken. Viper Zero fliegt eine F-2, hat aber die ungewöhnliche Eigenschaft, als die Person zu erscheinen, an die der Betrachter am meisten denkt. Rhino ist eine amerikanische Anima, die eine F/A-18 Super Hornet fliegt, durch einen Hinterhalt der Zai korrumpiert und zerstört wird. Minghua bleibt eine bedeutende Präsenz als Keis bestimmende Kindheitsfreundin, die sich selbst als seine Freundin betrachtet, obwohl Kei sie eher als ältere Schwester sieht.

Der Manga deckt mehrere große Handlungsbögen aus der Light-Novel-Serie ab. Ein früher Bogen konzentriert sich auf Gripen, die aufgrund ihrer Instabilität möglicherweise verschrottet werden soll, wobei sich Keis Beteiligung als entscheidend für ihre Rettung erweist. Die Komatsu-Basis wird direkt von den Zai angegriffen, was Kei zwingt, mit Gripen zu seinem ersten echten Kampfeinsatz zu starten und den Feind erfolgreich abzuschießen. Ein späterer Bogen handelt von der Schlacht um Seabird Island, wo Phantom vorschlägt, dass Kei offiziell Gripens Pilot wird, eine Rolle, die er annimmt. Bei der Shanghai Landing Operation werden Kei, Gripen und Rhino von ihrer Einheit getrennt und müssen auf einem verlassenen Pudong Airport landen, wo Rhino ihre wahre Natur als korrumpierte Anima offenbart und abgeschossen wird. Ein weiterer Bogen folgt einer russischen Anima namens Berkut, die eine Su-47 fliegt und als Teil eines mysteriösen Plans, der Hochleistungs-EPCM-Technologie nutzt, um Zai anzulocken, nach Japan überläuft. Der Manga stellt auch internationale Anima-Einheiten vor, darunter Frankreichs Rafale und Russlands Zhuravlik, Pakfa und Lastochka.

Die Manga-Adaption, illustriert von Takahiro Seguchi, wurde vom 26. Oktober 2018 bis zum 26. Mai 2019 in Kadokawas Monthly Shōnen Ace Magazin serialisiert und in zwei vollständige Bände zusammengefasst. Die Geschichte folgt Keis Reise von einem zivilen Teenager, der um seine Mutter trauert, zu einem integralen Bestandteil des Kampfes gegen die Zai, wobei er tiefe Bindungen zu Gripen und den anderen Anima entwickelt, während sie darum kämpfen, die Menschheit vor einem Feind zu schützen, der während der gesamten Serie weitgehend mysteriös bleibt.