Achtundsechzig Jahre nach den verheerenden Auslesespielen ist Tokio zur Welthauptstadt der Fluch-Energie geworden, ein Ort, an dem Zauberei und futuristische Technologie zu verschmelzen beginnen. Das Zeitalter legendärer Helden wie Yuji Itadori ist längst vergangen, und eine neue, beispiellose Bedrohung ist von den Sternen herabgestiegen. Eine außerirdische Rasse, bekannt als die Simurianer, trifft an Bord eines riesigen Raumschiffs auf der Erde ein und sucht Zuflucht. Diese Wesen besitzen ihre eigene einzigartige Form von Fluch-Energie, und ihr plötzliches Erscheinen stürzt den fragilen Frieden der Jujutsu-Welt ins Chaos.

Die Geschichte konzentriert sich auf die Geschwister Yuka und Tsurugi Okkotsu, die Enkelkinder der mächtigen Zauberer Yuta Okkotsu und Maki Zenin. Während Tsurugi ohne Fluch-Energie geboren wurde und mit Fluch-Werkzeugen kämpft, ist Yuka eine mächtige Zauberin, die jedoch tragischerweise durch eine unheilbare Krankheit geschwächt ist. Ihre Mission, eine Welle von Entführungen zu untersuchen, führt sie zu Maru, einem jungen simurianischen Diplomaten, der zur Erde geschickt wurde, um die Möglichkeit einer Koexistenz zu testen. Gemeinsam decken sie einen Schwarzmarkt auf, auf dem Kinder als lebende Batterien für Fluch-Energie verkauft werden – eine direkte Folge von Kenjakus uralten Plänen, die erstmals ausländische Regierungen in Jujutsu-Angelegenheiten verwickelten.

Der zentrale Konflikt von Jujutsu Kaisen Modulo ist der Kampf um Koexistenz. Während die Simurianer versuchen, eine neue Heimat aufzubauen, werden die Spannungen durch Marus Zwillingsbruder Cross angeheizt, der einen Krieg zwischen den beiden Spezies provozieren will. Die Erzählung verwebt diplomatische Intrigen mit hochriskanten Kämpfen und erkundet Themen wie Fremdenfeindlichkeit und Opferbereitschaft. Ein wichtiger Handlungspunkt betrifft das Schicksal von Rikas Ring, einem mächtigen Erbstück, das Yuka von ihrem Großvater hinterlassen wurde. Der Ring wird Tsurugi gewaltsam übergeben, was Yuka verwundbar zurücklässt, als sie zu einem Duell auf Leben und Tod gegen den mächtigen simurianischen Krieger Dabura gezwungen wird, um über die Zukunft ihrer Welt zu entscheiden.

In seinem letzten Arc enthüllt die Serie eine dunkle Zukunft für die wenigen überlebenden Originalcharaktere. Ein alternder Yuji Itadori, der aufgrund seiner verlangsamten Alterung Jahrhunderte des Verlusts miterlebt hat, beschließt, einen Weg ähnlich dem seines größten Feindes einzuschlagen. Nach der endgültigen Beseitigung aller Fluch-Geister wählt Yuji, nach seinem Tod zu einem Fluch-Objekt zu werden, in der Hoffnung, zukünftige Generationen noch lange nach seinem Verschwinden zu schützen und sicherzustellen, dass Menschen und Simurianer endlich in dauerhafter Harmonie zusammenleben können.