Hōkago, Bokura wa Uchū ni Madou folgt zwei Oberschülern, Kaito und Aoi, die entdecken, dass ihr scheinbar gewöhnliches Schulgebäude ein Tor zu einer weiten, unbewohnten kosmischen Leere birgt. Die Handlung wechselt zwischen der alltäglichen Realität einer typischen japanischen Oberschule und der surrealen, stillen Weite dieses Paralleluniversums, das nur über eine bestimmte Treppe nach dem letzten Klingeln zugänglich ist. Der zentrale Konflikt entsteht aus ihrer Unfähigkeit, das Tor zu kontrollieren oder zu verstehen, warum nur sie es wahrnehmen können.

Kaito ist ein pragmatischer und aufmerksamer Schüler, der die Entdeckung zunächst als ein wissenschaftliches Rätsel betrachtet, das gelöst werden muss, während Aoi nachdenklicher ist und von der gespenstischen Schönheit der kosmischen Leere angezogen wird, die sie als Flucht vor dem Druck ihres Alltags sieht. Ihre gegensätzlichen Perspektiven erzeugen Spannungen, während sie versuchen, die seltsamen, sich wandelnden Gesetze dieses Reichs zu kartieren. Die Handlung entfaltet sich über mehrere Bögen. Der Erkundungsbogen konzentriert sich auf ihre ersten vorsichtigen Ausflüge in die Leere, wo sie schwebende Fragmente von Schuleigentum, geisterhafte Echos von Gesprächen und eine verzerrte Version ihrer eigenen Stadt in der Ferne entdecken. Der Entdeckungsbogen führt eine dritte Figur ein, einen Lehrer namens Professor Hoshino, der das Phänomen jahrelang heimlich beobachtet hat und enthüllt, dass die Leere auf die verborgenen Ängste und Wünsche der Schüler reagiert. Die letzten Bögen zeigen, wie das Duo ein Labyrinth persönlicher Ängste durchquert, die vom Universum selbst manifestiert werden, und gipfeln in der Entscheidung, das Tor für immer zu versiegeln oder ihre eigene geistige Gesundheit zu riskieren, um die ultimative Wahrheit über den Ursprung der Leere zu erfahren, die mit einer vergessenen Tragödie in der Schulgeschichte verbunden ist.