Im März 2019 trägt der Oberschüler Shira in der Küstenstadt Shizuoka das schwere Trauma des Suizids seiner Mutter mit sich. Seine Kindheitsfreundin Anko hegt eine Schwäche für ihn und spürt seinen fragilen Zustand. Shira lebt mit einer passiven Form der Verzweiflung und hat das Gefühl, es wäre ihm egal, wenn ein großes Erdbeben käme und seine gesamte Stadt im Meer versenken würde. Im Gegensatz dazu möchte Anko ihn unbedingt nach Tokyo mitnehmen, damit sie gemeinsam eine Zukunft aufbauen können.

Ihre lauwarmen, schwebenden Tage werden zerstört, als Shira einer mysteriösen Frau begegnet, seiner Lehrerin Mutsumi. Mutsumi verbirgt ein seltsames Geheimnis: Auf ihrem Körper wachsen Schuppen, und sie verwandelt sich allmählich in etwas nicht ganz Menschliches. In einer Welt, die sich anfühlt, als ginge sie unter, trifft Shira eine drastische Entscheidung. Er beschließt, mit Mutsumi leben zu wollen, erklärt, dass es ihm egal ist, ob sie an Land oder auf dem Meeresgrund existieren, und wählt willentlich das Schicksal, an ihrer Seite zu einem Fisch zu werden. Für Shira, der passiv auf ein Ende gewartet hat, fühlt sich diese Verbindung zu Mutsumi wie eine neu gefundene Hoffnung an, obwohl sie gefährlich nahe an einer Form des Suizids ist.

Während Shira mit Mutsumi in dieser seltsamen neuen Realität verschwindet, werden die Zurückgebliebenen in Verwirrung und Nachforschungen gestürzt. Aus Sorge um Shira schließt sich Anko mit einem neugierigen Klassenkameraden namens Izaki zusammen, der bereits an Mutsumis Geheimnissen geschnüffelt hat, um das Paar aufzuspüren. Unterdessen untersucht Wako, Shiras Vater und ein Polizeidetektiv, das Verschwinden von Mutsumis ehemaligem Klassenlehrer Urai. Als diese getrennten Handlungsstränge sich zu kreuzen und zu verbinden beginnen, eskaliert das persönliche Drama zu einer größeren gesellschaftlichen Krise.

Die Geschichte weitet sich über eine verbotene Romanze hinaus in das Reich einer ausgewachsenen Apokalypse. Ein mysteriöser Zustand, der als Fischverwandlungsinfektion bezeichnet wird, beginnt sich weltweit auszubreiten. Einige Monate nachdem Shira Mutsumi, deren Symptome fortschreiten, zur Flucht ins Meer getragen hat, verwandelt sich die Welt. Infizierte bilden neue religiöse Kommunen, und ein verwandelter Mensch namens HAYASHI beginnt zu predigen, dass die Verwandlung in einen Fisch die einzige Hoffnung der Menschheit sei. Als eine Zeremonie geplant wird, um Anko vor einer Menge zwangszuinfizieren, kollidieren die persönlichen Bestrebungen von Shira, Mutsumi und Anko mit dem Schicksal der Menschheit selbst, was zu einem Abschluss führt, der die Frage beantwortet, was es bedeutet, am Ende der Welt wiedergeboren zu werden.