Ein Sturm tobt, während ein junges Mädchen namens Anna vor einer schattenhaften Organisation flieht, nachdem sie ein mysteriöses Artefakt namens den 8th gestohlen hat. Sie wird durch die Stadt von der Hunter Agency, der Cyborg-Durchsetzungsabteilung der Organisation, gejagt. Ein Oberschüler, der als Fahrradkurier arbeitet, Koichi Higashi, beobachtet, wie Anna auf Bahngleise gestoßen wird. Ohne zu zögern springt er, um sie zu retten, opfert sich selbst und wird vom ankommenden Zug erfasst. Als er sterbend in einem Krankenhaus liegt, spricht eine körperlose Stimme zu Anna und sagt ihr, dass sie, um die Emotionen zu verstehen, die ihr fehlen, den 8th nutzen muss, um den Jungen zu retten, der sein Leben für sie gab. Obwohl Anna eine Machinary ist, ein humanoider Roboter, dessen Bewusstsein reine Logik ohne Gefühl ist, gehorcht sie. Der 8th ist ein Prototyp-Machinary-Körper, der achte seiner Art, entwickelt von der Organisation Genesis. Anna überträgt Koichis Quoria, seine Seele oder Essenz, in diesen neuen Körper. Als die Hunter Agency das Krankenhaus angreift, verwandelt sich Koichi instinktiv und entdeckt, dass er nun unglaubliche Geschwindigkeit, Stärke und die Fähigkeit besitzt, seine Form für verschiedene Kampfszenarien zu verändern. Er ist der neue 8 Man geworden. Die Stimme, die Anna führt, gehört Hachiro Azuma, dem legendären ursprünglichen 8 Man aus einer früheren Ära. Azuma erklärt, dass Koichi im menschlichen Sinne nun tot ist und seine Seele im Machinary-Körper residiert. Azuma hatte den 8th-Körper von Genesis gestohlen und ihn mit seiner eigenen Kampf-Matrix, der Summe seiner Erfahrungen als Held, ausgestattet, um sicherzustellen, dass sein Vermächtnis weiterlebt. Nun muss Koichi als 8 Man Neo gegen die Kräfte von Genesis kämpfen, eine Kabale von Eliten, die andere Machinaries befehligen und sich selbst als nächsten evolutionären Schritt der Menschheit betrachten. Der Konflikt dreht sich um das Infinity System im 8th, eine gefährliche und instabile Energiequelle, die grenzenlose Kraft erzeugen kann und die Genesis verzweifelt zurückerlangen will. Während Koichi kämpft, stellt er sich seinem eigenen vergangenen Trauma: Sein Vater, ein Polizist, wurde vor seinen Augen getötet, als er ein Kind war, ein Ereignis, das seinen zwanghaften Antrieb nährt, andere um jeden Preis zu schützen. Die Geschichte stellt Koichi nicht nur gegen Genesis und seine verschiedenen Hunter-Cyborgs, sondern auch gegen andere abtrünnige Machinaries, während er gleichzeitig darum ringt, seine neue Existenz als Maschine, die an eine menschliche Seele gebunden ist, zu verstehen. Die Handlung wurde als direkte Fortsetzung und Neuerfindung der Originalserie aus den 1960er Jahren konzipiert und als mehrteilige Saga geplant. Die veröffentlichten Bände enden mit einem Cliffhanger, der einen zweiten Teil vorbereitet, der einen Kampf um die Kontrolle über die Ruinen einer uralten Zivilisation in der Antarktis beinhaltet hätte, aber diese Fortsetzung wurde nie veröffentlicht, sodass die Geschichte unvollendet bleibt.