Toru Usui ist ein Oberschüler, der so wenig Präsenz besitzt, dass seine Mitschüler regelmäßig nicht einmal seine Anwesenheit bemerken. Seine Nichtexistenz ist so tiefgreifend, dass selbst automatische Schiebetüren seine Annäherung nicht registrieren und sich weigern, für ihn zu öffnen. In einer Schulumgebung, die ihn wie einen Geist behandelt, hat Usui seinen unsichtbaren Status akzeptiert.

Die Ankunft der Austauschschülerin Chika Mikage, einer Kunoichi oder weiblichen Ninja, stellt dieses ruhige Dasein auf den Kopf. Anders als alle anderen erkennt Mikage Usui nicht als gesellschaftlichen Außenseiter, sondern als ein Wunderkind mit einem natürlichen und unübertroffenen Talent für Heimlichkeit. Da sie seine angeborene Fähigkeit als perfekte Grundlage für einen Shinobi ansieht, nähert sie sich ihm enthusiastisch mit einem klaren Ziel: ihn zu rekrutieren und auszubilden, um der Welt der Ninjas beizutreten.

Usui hegt jedoch seinen eigenen unerwarteten Traum, der direkt mit Mikages Plänen für seine Zukunft kollidiert. Er hat kein Verlangen, ein Meister der Heimlichkeit zu werden; seine Ambitionen liegen irgendwo weitaus gewöhnlicher oder vielleicht absurd spezifisch, was die zentrale komische Spannung zwischen den beiden erzeugt.

Die Geschichte entfaltet sich als alltägliche romantische Komödie, die sich um dieses ungleiche Paar dreht. Ein völlig luftiger und ahnungsloser Oberschüler, der einfach nur sein Leben leben möchte, wird von einer entschlossenen Kunoichi verfolgt, die ihn verzweifelt in einen Ninja verwandeln will. Ihre Interaktionen bilden den Kern der Serie, die unter dem Label DRE Comics veröffentlicht wird und den Humor erkundet, der entsteht, wenn Ninja-Traditionen auf das moderne Highschool-Leben treffen. Die Haupthandlungsbögen der Erzählung konzentrieren sich wahrscheinlich auf Mikages zunehmend kreative und ausgeklügelte Versuche, einen völlig unwilligen Usui heimlich zu trainieren, seine versehentliche Nutzung seiner natürlichen Fähigkeiten für alltägliche Zwecke und die allmähliche Entwicklung ihrer Beziehung inmitten dieser Ninja-thematischen Possen.