Im Jahr 20XX überschritt die als „Stadt des Verbrechens“ bekannte TOKYO CITY die 30-Millionen-Einwohner-Marke, die Kriminalitätsrate stieg rasant an, die Polizei war hoffnungslos unterbesetzt und die öffentliche Ordnung versank im Chaos. Um der immer dreister werdenden Kriminalität entgegenzutreten, wurde die vereinte Detektivorganisation „NEST“ ins Leben gerufen. Diese Organisation besteht aus hundert kleinsten Ermittlungseinheiten, den sogenannten „Häusern“. Jedes Haus setzt sich aus einem „Meisterdetektiv“ und zwei „Aufzeichnern“ zusammen, die gemeinsam Fälle lösen – von der Suche nach verlorenen Gegenständen bis hin zu schweren Straftaten.

Unter diesen hundert Teams sticht besonders das mit dem Codenamen „Hawk Eyes“ (Falkenaugen) versehene Team hervor. Seine zentrale Figur ist der Meisterdetektiv Shinonome Jin, ein Genie, das bereits in der Oberschule NEST beitrat und über eine erstaunliche Beobachtungsgabe verfügt, die als „Hellseherblick“ bezeichnet wird. Diese Fähigkeit ermöglicht es ihm, ohne auf Luminol angewiesen zu sein, präzise die Stellen von Blutspuren zu lokalisieren, die gereinigt und weggewischt wurden. Allerdings ist diese mächtige Fähigkeit mit einem großen Risiko verbunden: Shinonome Jin verfällt manchmal in einen seltsamen Zustand der Leere, in dem er für mindestens einen Tag bewegungs- und sprachunfähig ist, obwohl sein Bewusstsein und sein Gehör intakt bleiben.

Diesen problematischen Genius stützen seine beiden Aufzeichner. Der erste ist Kureyanagi Sodo, ein ehemaliger Kalligraph. Er brachte Shinonome Jin zu NEST und wurde selbst zum Aufzeichner. Er schläft extrem wenig, schließt nie vor anderen die Augen, ist zwar nicht schweigsam, spricht aber äußerst selten über sich selbst, leidet unter starkem Putzzwang und besitzt nur sehr wenige persönliche Gegenstände. Der andere Aufzeichner ist der erst 15-jährige Mononoke Rui, die ursprünglich mit dem Ziel, Meisterdetektiv zu werden, NEST beitrat, sich aber schließlich als Aufzeichnerin hervortat. Sie hat einen ausgeprägten Gerechtigkeitssinn, ein leidenschaftliches Temperament, ist unübertroffen schnell im Laufen und wird „Jagdhund“ genannt. Obwohl sie Shinonome Jin respektiert, sucht sie ständig nach einer Gelegenheit zum „Aufstand der Untergebenen“, in der Hoffnung, ihn eines Tages zu übertreffen.

Dieses einzigartige Trio ist im zum Slum verkommenen TOKYO CITY aktiv und hat unzählige Fälle gelöst. In dem zugehörigen Manga mit dem Titel „HUNDRED NOTE – Oberschuldetektiv: Ameno Daichi“ wird die Geschichte eines anderen Oberschülers erzählt, der davon träumt, Meisterdetektiv zu werden: Ameno Daichi. Gemeinsam mit dem über erstaunliche Deduktionsfähigkeiten verfügenden Shinonome Jin und dem Mann aus der Kansai-Region, Kiribito Hitoshi, besucht er eine einsame Insel. Die zunächst fröhliche Reise unter Gleichaltrigen nimmt nach einem Schrei eine dramatische Wendung und entwickelt sich zu einer Tragödie. Die Serie dreht sich um einen Mordfall, der sich an der Eishin-Oberschule ereignet. Der Täter nennt sich selbst „Dämon der Morgenröte“, und hinter der Tat scheint ein Selbstmordfall einer Lehrkraft derselben Schule zu stecken. Zwei Jahre nach der Lösung des Falles ist der inzwischen erfolgreich zum NEST-Meisterdetektiv gewordene Ameno Daichi nicht mehr von seinem einstigen Freund Shinonome Jin umgeben. Der letzte Fall zwischen den beiden engen Freunden wird nun enthüllt.