Der Manga konzentriert sich auf Kurisu Makise in der Zeit nach dem Höhepunkt der ursprünglichen Steins;Gate-Geschichte. Nach der Annullierung der letzten D-Mail, die die Beta-Weltlinie wiederherstellte, erkundet die Erzählung die Tage und Wochen aus ihrer Perspektive, ein Blickwinkel, der im ursprünglichen Visual Novel oder Anime weitgehend ungesehen blieb. Die Geschichte spielt speziell am 16. August und 21. September, Daten, die für ihre stille Verwüstung nach Okabe Rintarous Opfern bedeutsam sind.

Der Schauplatz ist ein erkennbares, aber emotional verändertes Akihabara. Kurisu wandert durch den Bezirk und ringt mit Erinnerungen an Ereignisse, die aus ihrer Perspektive entweder nie stattfanden oder nur als schwache Reading-Steiner-artige Eindrücke existieren. Der Manga erweitert ein gleichnamiges Hörspiel und fügt Szenen wie ein Wiedersehen mit Faris NyanNyan und den anderen Mitgliedern des Future Gadget Labs hinzu, wobei untersucht wird, wie die Weltlinienverschiebungen nicht nur Okabe, sondern alle um ihn herum beeinflussten.

Ein großer Erzählbogen befasst sich mit der tragischen Beziehung zwischen Kurisu und ihrem entfremdeten Vater, Shouichi Makise, öffentlich bekannt als Dr. Nakabachi. Durch Rückblenden enthüllt der Manga, dass Shouichi einst ein freundlicher und exzentrischer Vater war, ähnlich im Charakter wie Okabe, der mit seinen College-Freunden ein „Relativitätstheorie-Transzendenz-Komitee“ gründete. Als eine junge Kurisu jedoch unbeabsichtigt sein Lebenswerk widerlegte, zerbrach sein Stolz, was zu Jahren der Vernachlässigung und des Missbrauchs führte. Die Geschichte folgt Kurisus Versuch, sich mit ihm zu versöhnen, ohne zu wissen, dass ihr Wunsch, ihre Beziehung zu heilen, direkt zu der schicksalhaften Konfrontation im Radio-Kaikan-Gebäude führen wird, wo ihr Tod vorherbestimmt ist.

Die Erzählung gipfelt in der Enthüllung, warum die Weltlinie so resistent gegen Veränderungen ist. Kurisus Vater liefert den emotionalen und wissenschaftlichen Katalysator für die Tragödie, die die Alpha- und Beta-Attraktor-Felder definiert. Anders als die ursprüngliche Geschichte, die Okabes Kampf gegen das „Schicksal“ folgt, zeigt dieser Manga Kurisus Akzeptanz ihrer Rolle in der Tragödie und hebt ihre Entscheidung hervor, Okabe zu vertrauen, selbst wenn sie weiß, dass das wahrscheinliche Ergebnis ihr eigener Tod ist. Die letzten Bögen decken ihre Perspektive während der Ereignisse des 28. Juli und ihre letzten Momente ab und verbinden sich direkt mit der Eröffnungsszene des ursprünglichen Steins;Gate.