Shinogi Inumata ist ein achtzehnjähriger Waisenjunge ohne Job, ohne Träume und ohne Lebenswillen. Seine einzige ungewöhnliche Eigenschaft ist die Fähigkeit, Geister zu sehen und zu zerschneiden – eine Kraft, die er eher lästig als nützlich findet. Auf dem Heimweg von einem weiteren gescheiterten Vorstellungsgespräch begegnet er einer wunderschönen weiblichen Seele. Da er sie als Bedrohung wahrnimmt, tötet er sie mit seiner Macht auf der Stelle. Zu seinem Schock wartet dieselbe Frau in seiner Wohnung auf ihn, vollständig regeneriert. Sie stellt sich als Yaergnacht Finsternis vor, ein ehemaliges Mitglied der Apostel, und stellt ihm ein Ultimatum: Werde ihr Ehemann oder stirb.

Yaergnacht erklärt, dass die Apostel Diener Gottes sind, die jeden Menschen jagen und töten, der ihrer Meinung nach von der göttlichen Schöpfung abgewichen ist. Um gegen diese mächtigen Feinde zu kämpfen, braucht sie Shinogi. Trotz der Absurdität der Situation nimmt Shinogi ihren Vorschlag an. Die Geschichte folgt diesem ungleichen frischvermählten Paar, während es gegen die Apostel kämpft. Yaergnacht besitzt die Fähigkeit, alles zu erschaffen, was sie sich wünscht, einschließlich des Apartmentgebäudes, in dem sie leben, während Shinogi seine einzigartige Fähigkeit einsetzt, um geistige Wesen zu zerschneiden.

Die Handlung spielt im heutigen Japan, wo übernatürliche Kräfte im Verborgenen lauern. Die Serie folgt ihren Kämpfen gegen die Highlander, die menschlichen Agenten Gottes, die als die Hauptgegner dienen. Während das frischgebackene Ehepaar diesen Feinden gegenübertritt, findet Shinogi langsam einen Sinn in einer Welt, die ihm einst sinnlos erschien. Zu den wichtigsten Handlungsbögen gehören die erste Begegnung und das erzwungene Zusammenleben, die Enthüllung von Yaergnachts Vergangenheit als Apostel und ihre ersten großen Kämpfe gegen die Kräfte, die diejenigen eliminieren wollen, die von Gottes Plan abweichen.