Im Anschluss an Therapy Game setzt die Fortsetzung Therapy Game Restart mit dem Paar Minato Mito und Shizuma Ikushima ein, die den Übergang von einer aufkeimenden Romanze zu einer gefestigteren, erwachsenen Beziehung meistern.

Der zentrale Konflikt entsteht durch eine große Veränderung im Leben von Shizuma, der sein Tiermedizinstudium abgeschlossen hat und nun seine anspruchsvolle Karriere als Assistenzarzt in einer Tierklinik beginnt. Dieser neue Job lässt ihm deutlich weniger Zeit für Minato, was zu Spannungen führt, da sie Schwierigkeiten haben, Momente für Dates und Intimität zu finden. Um diese wachsende Distanz zu überbrücken, schlägt Shizuma vor, zusammenzuziehen – ein Vorschlag, der beide Männer dazu zwingt, sich mit ihren persönlichen Ängsten vor Verbindlichkeit und ihrer Zukunft auseinanderzusetzen.

Minato Mito ist Fotograf und arbeitet auch im Kaninchenladen Trois Lapins, der seinem älteren Bruder Itsuki gehört. Er trägt tiefsitzende Traumata aus seiner Kindheit, nach dem Zerfall der Beziehung seiner Eltern und deren anschließendem Tod, was es ihm schwer macht, an die Stabilität von Beziehungen zu glauben. Er ist stolz auf seine Identität als schwuler Mann, kämpft aber mit der Angst, als zu anhänglich zu gelten oder dass seine Beziehung scheitert. Sein Partner Shizuma Ikushima ist ein frischgebackener Tierarzt, der sich als bisexuell identifiziert. Er ist seiner Karriere zutiefst verpflichtet, muss aber lernen, seine beruflichen Ambitionen mit seinem Privatleben in Einklang zu bringen. Der Druck seines Jobs wird durch eine Kollegin namens Yamamoto verstärkt, die Interesse an ihm entwickelt, sowie durch seinen anspruchsvollen Chef Akira Onodera, einen sozial unbeholfenen, aber hochqualifizierten Tierarzt, dessen mangelnde Kommunikation für Shizuma zusätzliche berufliche Hürden schafft.

Die Erzählung von Restart folgt dem Paar, als es beschließt, zusammenzuziehen, und die Handlung erkundet das empfindliche Gleichgewicht zwischen ihrem Berufs- und Liebesleben. Shizuma stellt sich den Herausforderungen eines neuen Jobs, darunter sich gegenüber einem schwierigen Vorgesetzten zu beweisen und seine Arbeitslast zu bewältigen, oft auf Kosten der Zeit mit Minato. Gleichzeitig kämpft Minato mit der Einsamkeit durch Shizumas Abwesenheit und der Angst, zu viele Forderungen an seinen Partner zu stellen, was zu Momenten innerer Konflikte führt, in denen er sich zurückhält, ganz ehrlich über seine Gefühle zu sprechen. Ein emotionaler Höhepunkt ist, als Minato versucht, einen unerblühten Kirschblütenzweig zu pflegen, der ihm während seiner Einsamkeit Gesellschaft leistet. Während sie über das Zusammenleben sprechen, muss Shizuma lernen, nicht zu beharrlich zu sein, während Minato sich damit auseinandersetzen muss, ob er glaubt, eine Chance auf ein glückliches häusliches Leben zu verdienen. Das Paar wird von einer Reihe zurückkehrender Charaktere unterstützt, darunter Minatos unterstützender Bruder Itsuki und dessen Partner Shohei sowie Shizumas Bruder, die aus ihren eigenen Beziehungen Ratschläge und Perspektiven bieten.