Shizuma Ikushima hat sein Tiermedizinstudium abgeschlossen und beginnt nun seine Karriere als Tierarzt, doch sein neuer Job lässt ihm weit weniger Zeit für seinen Freund Minato Mito. Das Paar, das am Ende der Therapy-Game-Geschichte offiziell zusammengekommen ist, beschließt, den nächsten logischen Schritt zu gehen und zusammenzuziehen. Dieser Übergang zu einer ernsteren, häuslichen Partnerschaft wird jedoch sofort auf die Probe gestellt durch den Druck von Shizumas anspruchsvollem neuen Beruf und die nachwirkenden Folgen von Minatos vergangenen Traumata.

Die Hauptfiguren bleiben Minato und Shizuma. Minato ist ein stolzer, offen schwuler Fotograf, der auch im Trois Lapins arbeitet, dem hasenthematischen Laden, der seinem älteren Bruder Itsuki gehört. Seine Kindheit war geprägt vom Scheitern der Beziehung seiner Eltern und deren anschließendem Tod, was ihm eine tiefsitzende Unfähigkeit hinterließ, an die Beständigkeit romantischer Beziehungen zu glauben. Shizuma, jetzt praktizierender Tierarzt, ist Shohei Ikushimas älterer Bruder und identifiziert sich als bisexuell. Nachdem er eine frühere Beziehung nach einer Untreue beendet hat, ist er aufrichtig und hingebungsvoll, aber sein Fokus auf den Aufbau seiner Karriere droht unbeabsichtigt Muster der Vernachlässigung zu wiederholen. Die Geschichte spielt hauptsächlich vor der Kulisse ihres Alltags, während sie sich in Minatos Arbeitsplatz, dem Hasenladen, und Shizumas neuer Tierklinik bewegen.

Ein zentraler Handlungsbogen in Therapy Game Restart dreht sich um den Kampf um das Zusammenleben. Während Shizuma darauf brennt, voranzukommen, zögert Minato und braucht Zeit, um ein Maß an Verbindlichkeit zu verarbeiten, von dem er nie gedacht hätte, es zu erleben. Dieser Prozess zwingt Minato, sich seinen tiefsitzenden Ängsten vor Verlassenwerden und gebrochenen Versprechen zu stellen, während Shizuma lernen muss, seine beruflichen Ambitionen mit den Bedürfnissen seines Partners in Einklang zu bringen – eine Lektion, die ihm sein Kollege Tatsumi verstärkt. Die Harmonie ihrer Beziehung wird weiterhin durch externe Personen an Shizumas Arbeitsplatz bedroht. Sein Chef Yamamoto entwickelt ein unangemessenes persönliches Interesse an ihm, und später erweist sich die Klinikdirektorin Akira Onodera als schwierige und sozial distanzierte Vorgesetzte, was ein stressiges und anspruchsvolles Arbeitsumfeld für den neuen Tierarzt schafft.

Als dieser berufliche Druck dazu führt, dass Shizuma wichtige Termine und Wohnungsbesichtigungen verpasst, kämpft Minato mit Einsamkeitsgefühlen und versucht, unterstützend zu sein, ohne zu bedürftig zu wirken. Die Erzählung konzentriert sich darauf, wie das Paar direkte Kommunikation und Empathie einsetzt, um diese Hürden zu überwinden, anstatt sich auf typische Missverständnisse des Romantikgenres zu verlassen. Ein ergreifendes symbolisches Element taucht auf, als Minato einen unerblühten Kirschblütenzweig aus dem Laden seines Bruders mit nach Hause nimmt und ihn während seiner Einsamkeit als stillen Begleiter pflegt, wobei sein schließliches Erblühen das langsame, behutsame Wachstum ihres gemeinsamen Lebens widerspiegelt. Die Fortsetzung folgt weiterhin diesen beiden, während sie lernen, das individuelle Wachstum des anderen zu unterstützen und gleichzeitig ein Leben als festes Paar aufzubauen.